万历二十九年（1601）努尔哈赤在牛录制的基础上建立了黄、红、白、蓝四旗，分别打黄旗、红旗、白旗、蓝旗。四十三年扩大为八旗。原四旗名称冠以“正”，另四旗名称以黄、红、白、蓝冠以“镶”，即为：正黄、正白、正红、正蓝、镶黄、镶白、镶红、镶蓝。新增四旗的旗子，镶黄旗的旗子在黄颜色旗上镶黄边，镶白旗的旗子在白色旗上镶红边，镶红旗的旗子在红色旗上镶白边，镶蓝旗的旗子则在蓝色旗上镶白边。
每旗有7500人，含25个牛录。这时每牛录有300人。牛录的长官叫牛录额真，汉名佐领。5牛录为1甲喇，首领家甲喇额真，5甲喇为1固山，首领叫固山额真（都统）。每固山左右设两梅勒额真（副都统）。1固山即为1旗。八旗的较高统帅叫“汗”，先是努尔哈赤，后是皇太极。固山额真由其子侄担任。努尔哈赤与各旗旗主都有精锐卫队，叫“巴牙喇”。
八旗制度是军政合一，兵民一体。牛录额真，既是生产的组织者又是战斗的指挥者。每个成员既要生产又要打仗。作为兵，有前锋、骁旗和护军之分，前锋披坚甲，持武器冲锋在前，骁旗披轻甲，从后冲击，护军是精兵，相机行事。
八旗制度还是经济制度和行政制度。说是经济制度，是指各种行政经费是按牛录为单位分摊。每个牛录派男丁10人，牛10头在空地种粮，收获归公；说是行政制度，是指各级大小官员除是生产的组织者、战斗指挥员外，还是行政官员，八旗充当了国家机构。
努尔哈赤创建了满洲八旗，皇太极又发展了蒙古八旗和汉军八旗，一共有24旗。入关后，八旗成为军事组织，并分为京师八旗与驻防八旗，分给土地，发给兵饷。其待遇，无论是政治的还是物质上的都比绿营优越。
入关前，皇帝统管两黄旗，代善，清太祖次子，统管正红旗；济尔哈朗，庄亲王舒尔哈齐子，统管镶蓝旗；多尔衮，清太祖十四子与阿济格，清太祖十三子，统领镶白旗；多铎，清太祖十五子，统领正白旗；乐托，代善长子，统领镶红旗；莽古尔泰，太祖五子，掌管正蓝旗。入关后，八旗有上三旗与下五旗之分。上三旗是镶黄、正白、正黄，其他是下五旗。上三旗为皇帝自领。发展到后来旗利被削弱，八旗全归皇帝统领。
清代中期，八旗军事职能逐渐削弱，成为管理旗务的行政机构。八旗官兵平时不劳动，全靠薪俸和领地内的租税过活，成为腐朽的寄生集团。清朝灭亡，八旗制度终结。
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