罗马帝国灭亡后，意大利没有统一，罗马教皇为了维持教会的独立地位，伪造了“君士坦丁赠礼”，公开表示君士坦丁大帝将罗马献给罗马教会的席尔维斯特二世，以此为契机创立了教皇国。
《君士坦丁赠礼》中记载，主教西尔维斯特二世通过祈祷治愈了君士坦丁大帝的麻风病，并进行了洗礼。在接受了礼的第四天，君士坦丁大帝在生化危机中新设了东都（君士坦丁堡），将西都罗马城捐赠给教会，表示感谢。
教皇国没有正式的国家名城，拉丁语中是指“属于教会的诸邦国”，多个独立或半独立的小国、城邦以及贵族领地共同构成。
教会的统治非常严格，古代罗马图书馆被烧毁，严格控制西欧的文化教育，把宗教礼法放在经验和理性活动上，所以这个时期被称为“无知和迷信的时代”。为了维持教会的支配地位和打击异端，教会设立了宗教法庭，并用以压迫和迫害不符合圣经规范的所有思想和人。
这个时期，西方历史上有很多思想家和科学家陷入异端，受到了残忍的迫害。著有《天体运行论》的波兰天文学家哥白尼否定了教会的地心说，并被迫害致死。思想家、科学家布鲁诺宣传哥白尼的日心，被宗教裁决为异端，在罗马的花广场活着的时候就被烧死了。著名的天文学家兼物理学家伽利略也倡导日心说，被宗教裁决，在软禁中度过了余生。
科学家帕里斯主张化石是动物的遗体，否定了神的造物论，被。细胞位提出了人体内有血液循环的理论，活了两个小时就被烧死了。巴黎大学的阿莫利教授宣传多神论，死后也被追审，挖掘坟墓，10名学生被处死。

欧洲中世90%的人在农村生活，为了满足人们的精神需求，为了便于教会的支配，在几个村子之间设立了教区，贵族的领主出资建设教会，指定教区长主持相关宗教活动。
教会主张禁欲，要求所有教士单身不结婚，并宣传人们只有将一切奉献给神，才能死后上天堂。教区长就任时也宣誓一生不结婚，但那只不过是形式，一般不遵守约定，基本上结婚生子，养。
在这一点上，有些教皇相当优秀，他们作为领导人，自然要坦率地对待广大普通教主。例如，法王思齐三世不仅要和罗马的贵妇马西亚私居苟且，还要独占教廷的大权，让他们的儿子成为新教皇。（他们的孙子也是教皇）
962年，德国王国的国王Oto1世被罗马教皇加冕为神圣罗马皇帝，开创了持续了近千年的神圣罗马帝国。
神圣罗马帝国成立后，教皇国进行了长期的权力斗争，双方互相干涉内政，控制对方。在神圣罗马帝国z权无法推翻后，教皇乌尔文二世为了恢复罗马教廷的权威开辟了战场，发动了著名的十字军东征，其中第四次东征使拜仁帝国的首都君士坦丁堡沦陷，差点灭亡。
之后，教皇国与神圣罗马帝国相亲相爱了几百年，到了14世纪，双方分别，不插手对方的事务，进入了平安的新阶段，教皇国真的完全独立了。
1861年，意大利共和国成立，吞并了教皇国的大部分领地。1870年普法战争后，罗马城也攻陷意大利军，教皇庇护9世，将教士们驱逐到梵蒂冈城，自称“梵蒂冈囚犯”。
1929年，墨索里尼与法王庇护11世缔结了《拉特兰条约》，宣布建立梵蒂冈城国，成为长久中立国，持续了千年以上的教皇国宣告灭亡。

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