在南方，桂系、滇系、粤系、和szs的势力争夺两广地区以及广州的控制权。在广西，清代广西巡抚卢荣庭成为广西巡抚，支持辛亥和“桂人治桂”政策。后来，它通过参加国家的保护战争巩固了自己在广西的主导地位，这在历史上被称为旧桂系。国防战争胜利后，李元宏总统任命了黄亭为广东省长，但前广东省长黄继光不愿意辞职。陆荣庭随即派出桂军沿济光一带攻打。广东已成为老桂族的势力范围。陆荣庭对李元宏的崛起和段祺瑞控制下的北洋感到不满，宣布两州自治。
与此同时，1916年国防战争胜利后不久，云南系统总司令去世。唐继尧上台后，控制了云南和贵州，并与四川军阀发生了摩擦。1921年，滇系顾品申将军叛逃，滇系分为顾品申和唐继尧。
1917年7月，保律的运动开始了。在陆荣庭、唐继尧的支持下，szs南下广州，组建广东军和军队。他担任元帅，支持军队20000英镑。卢荣庭和唐继尧是元帅。然而，这三个人开始产生分歧。1918年4月，云南和广西的派系开始驱逐szs，将元帅的领导体制改为七位学院院长的领导体制，并邀请西南各省的军阀担任院长。因此，szs于5月被迫辞职，然后前往上海。后来，广东派系想摆脱滇派在广东的影响。1918年5月，他们逮捕了滇派将军张凯如，并枪杀了崔文早。结果，滇派被逐出广东，吕荣庭的桂派达到了权力的顶峰。

1920年，北方爆发了直湾战争。与此同时，广西集团发动了第一场桂桂战争，出兵进攻亲szs的广东军陈炯明、徐崇志，但被击败，返回广西。szs从上海返回广州。1921年4月，他将军改组为广州国民，召开了一次特别代表大会，并成为一位特别总统。6月，为了重新控制广东，广东集团发动了第二次广东战争，但再次被广东军队击败。第二次失败导致桂族分裂。桂族部下李宗仁、白崇禧陷入混乱。1925年，他们打败了卢荣庭和沈红英，承认了广西，并成为了桂族的新首领，即新桂族。
另一方面，1922年，第二次广东战争胜利后，szs要求陈炯明北伐，陈炯明拒绝，被解雇。然而，在北方，志峰战争后，李元宏再次担任大总统。法律保护运动的目的实现了。各党派都要求szs取消他作为伟大总统的席位。陈炯明的下属游菊为了迫使szs辞职，出兵包围广州总统府。孙逃回上海。历史上称之为六一六事件。
1923年1月，szs与云南方杨希民（古品镇派）、广西部刘振寰（刘振寰）和叛逃的广东军队联手，共同攻击陈炯明。2月，陈炯明被击败，撤退到东江。szs也于2月返回广州，再次担任元帅。1925年，szs去世后，蒋仲正两次东征陈炯明。此时，唐纪尧云南方支持陈炯明，并希望加入新广西系统司令李宗仁，攻击广州国民。唐继尧出兵广西，但被广西军击败，返回云南和贵州参加滇桂战争。失去帮助的陈炯明最终被蒋仲正打败，被迫解散军队，撤退到香港。
北伐后，广西和云南两个派系名义上统一为老蒋的广州国民。1926年，桂军改组为国民革命军第七军，李宗仁任司令。1928年，滇系龙云在2月6日叛变中推翻唐继尧，击败对手胡若瑜后，名义上隶属于蒋仲正，成为云南省总统。西南军阀的分离时期结束了。

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