袁世凯死后，北洋军分为段祺瑞领导的万族、奉国璋领导的直系和张作霖领导的奉系。当时，北洋是国际社会承认的合法z权，获得北洋的领导意味着可以获得关税收入和外国贷款。因此，这三种制度最重要的目标是控制北洋。在整个军阀割据时期，北洋的控制权经历了从皖系到直接制再到奉系的转变。
1916年至1920年是皖系控制北洋的时期。在与人民的第一次中，段祺瑞总理与李元宏总统（革命党成员）有许多矛盾。张勋复辟后，李元宏在段祺瑞的压力下被迫辞职，奉国章被任命为总统。在与人民的第二次中，段祺瑞和奉国章对法律保护运动和西南军阀持不同意见。段祺瑞和奉国章均于1918年10月退休。段祺瑞控制的安福大会选举徐世昌出任总统，段祺瑞则通过安福大会幕后操纵z权。

1919年12月，奉国璋去世，曹锟开始领导直系军阀。曹锟在副总统选举中失利，吴佩孚反对安福大会，安徽与曹锟的矛盾加剧。1920年4月，曹锟与奉氏等八省军阀结成反皖同盟；同年7月，直隶安徽战争爆发，直隶和丰隶家族获胜。战后，安福大会解散，并物色了徐书正、王一堂、段志贵等10名主要成员。
然而，皖直战争后，由于战争结果的分布，直达线与奉线之间出现了摩擦。1922年，第一次直接的奉派战争爆发。张作霖被击败，从关口撤退。北京开通了直达电话。1923年6月，曹锟因贪污罪当选总统。1924年，为反对直系方向，奉线与安徽线其余部分和szs广东军联合进攻直系，爆发了第二次奉直系战争。奉玉祥是一位直达将军，张作霖的儿子捐赠了50万元，因此他叛逃，在北京发动叛变，监禁曹锟，导致直达失败。然而，奉玉祥与奉氏家族的合作并没有持续多久。北京叛变后，奉玉祥邀请段祺瑞和szs到北京，将他的部门改组为国民军，指挥北京，并与奉氏家族分裂。
1925年，战败将军吴佩孚发动反奉战争，将奉派势力驱逐到江苏、安徽两省。1926年，张作霖与日军联手南下进入关隘。奉玉祥在昌平南门退出北京，奉玉祥占领了首都。在此期间，张作霖和吴佩孚实现了奉天直联，组建了“红军同盟”，带领奉玉祥部队前往绥远。但后来张作霖没有给吴佩孚任何好处。从那时起，北洋一直由奉氏控制，直到北伐结束。
1926年7月，老蒋开始北伐。吴佩孚战败，再也没有恢复过来。奉玉祥、阎锡山等参加了国民革命军。1928年6月4日，张作霖从北京退休，离开关隘，在皇姑屯被日军关东军击毙。6月8日，国民革命军进驻北京。12月29日，宣布东北改旗，统一为南京国民。军阀统治时期结束了。

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