战国大名在建国初期，对领国内的小领主，一般采取渐进的控制政策，逐渐将他们纳入自己的统治体制。如果小领主表明服从统辖，保护其拥有的土地、财产，不剥夺其原来所有的权利。因此战国大名和小领主的摩擦减少了。
当然，这种对小领主的保护政策不过是立国当初稳定形势的适当政策。战国大名踏入后，开始削弱或剥夺小领主的经济和军事实权，通过“家臣制”，将小领主原来的领地变成了大名的直辖领地。领地的经营管理虽然由小领主负责，但却是大名恩赏的开始。也有人这样形容战国时代的主臣关系。

关于家臣团的组织，情况虽然不同，但是基本的构造有很大的不同。家臣一般分为上层家臣和下层家臣。上层的家臣称为“寄亲”，下层的家臣称为“寄子”。“寄亲”包括与大名关系密切的领主、大名的血缘亲属、追随大名而留下绩的亲信，例如武田氏有“武田二十四将”、北条早云有“家老众二十人”等。
大名主要依靠这些人来控制领国，他们中也有配置在大名附近，作为“中央”机构的官员、军师来配置的。被分配到分国和要塞，作为大名的代理人进行政治、经济、军事的全面统治。他们是各级行政官员，也是军事指挥声音。“寄子”属于“寄亲”，地方上的国人很多。他们的义务是平时治理乡下，战时从军出征，一般是军团的骨干。通常，家臣集中在大名的城下町，所管的乡下由代理人和下司来管理。
战国家法的制定
战国大名在将领国内历来的领主纳入家臣制后，制定了战国家法，开始详细规定君主与家臣的关系和家臣必须遵循的法规。根据现存的史料记载，制定家法的战国大名有12家。其条文详尽，核心思强作为臣必须忠于君主。
家法中除了各个特殊条款，普遍有以下内容：（一）禁止土地买卖和转移；（二）执行长子继承法。（三）婚姻和财产的继承必须得到君主的许可。（四）家臣不得争。（五）违法者，对锯、火烧、车裂、串刺、开锅等进行拷问，在一族的一个村庄扎下了股票。另外，正如周防国（本州西部）的商业比较发达一样，其家法中具体规定了麻布的尺寸、金银的颜色等。越前国大名朝仓孝景是笃信孔孟学说的人，《朝仓孝景条》规定家臣必须以儒学修身。

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