关于日本派遣遣隋使的次数，学术界有不同的说法。但是，从《日本书纪》和《隋书》的记载来看，其次数至少在5次以上。
第一次
在日本第一次被派往隋是600年还是607年。一些学者认为，遣隋使的开始，即第一次遣隋使的派遣是开皇二十年（600年），相当于日本的推古八年。理由是《隋书・倭国传》中有“开皇二十年，倭王姓阿每，字多利思比孤，号阿辈鸡弥，遣使诣阙”。《北史・倭国传》中也有同样的记述。
反对者指出，关于此次派遣遣隋使，由于日本重要史籍《日本书纪》中没有记载，所以无法接受。日本著名学者本居宣长在我国的史料中有记载，但是没有日本的，说明了使节不是从日本朝廷派遣来的。
当时，隋朝完成了统一的大业，国力强大，对周边国家产生了巨大影响。日本专心于恢复任那的统治，担心隋朝的态势是不可避免的。因此，日本派的镇将们很有可能派遣使节来探索隋朝的动向。使节是町将们的私使，因为不是代表日本朝廷的东西，所以不认为是第一次的遣隋使。

第二次
《日本书纪》在607年（推古天皇十五年），日本圣德太子向隋都洛阳派遣小野妹子及其他留学生，学习隋帝国的文化、经济、政治制度，将隋的汉名记载为“苏因高”。
大使小野妹子的出发时间是607年7月，同年内
大业三年（607）9月炀帝抵达东都后，由于没有看到迁移的记录，炀帝和倭使于次年3月接见了百济、倭、赤土等国的使者到东都。由于赤土国和倭国、百济一起朝贡，所以3月被派往了佩世清。这样，隋使的业绩世清在大业4年3月出发，当月百济，4月到达倭国，约1个月的时间里从隋来到了倭国。
第三次
大使小野妹子的出发时间是608年9月
隋大业五年二月辛丑（四日）在亲乡接受了赤土国的朝见，戊申（十一日）回到了京师。
推古天皇十六年（608）9月重新出发去隋的小野妹妹一行的路程不明，但因其出色的表现力与世清一同前往隋，所以应该在大业五年正月的戊子（十日）之前到达东京。也就是说，炀帝迎来小野妹子的地方是东京洛阳。小野妹子于次年9月回国，同行的8名留学生、留学僧没有同时回国，而是去东京洛阳留学。
这次遣隋使的更重要的目的是让留学生、学问僧到隋留学，汲取先进文化，特别是导入佛法。这次也是今后规模巨大的“遣唐使”的前奏，具有特别的历史意义。像留学僧志贺惠隐那样，南渊让安先生学习了三十二年，留学生高向玄理先生在我国留学了三十三年，到了唐太宗的贞观年间回国了。这些留学生留学僧广泛汲取了中原的先进文化，回国后为日本的政治改革做出了巨大贡献，第三次遣隋使的历史意义可以说是非凡的。
第四次
大使不知道出发时间609年
炀帝在大业5年3月由自己巳（二日）开始西巡，9月因大未，推古天皇十七年9月以遣隋朝贡的倭使，具体到隋的时间不详，但朝见
第五次
之后的遣隋使于推古天皇二十二年（隋大业十年，614年）六月出发，将犬上御田犁、矢田部造作为正副使，在东都洛阳。
犬上御田锄等次年7月，与百济的使者一起回国。关于此次遣使一事，虽然没有看到隋一方的记载，但由于《日本书纪》中详细记载了遣使的年月日、使节的姓名以及归还日、书的具体时期等，614年的遣隋是事实，是日本第5次遣隋使。这次同行的留学生、学问僧有惠光、惠日、灵光、胜鸟养、惠云等。

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