1806年拿破仑赢得奥斯特利茨战役时，宣布神圣罗马帝国解体。拿破仑随后统一了德国诸侯国的“莱茵河联盟”，并将其置于他的保护之下。神圣罗马帝国确实已经不复存在。这必须归咎于法国皇帝拿破仑发动的外国侵略。
1789年，法国大革命爆发。神圣罗马皇帝利奥波德二世的姐夫路易十六被推翻。他的妹妹、法国王后玛丽·安托瓦内特被法国共和国处决。随着“公平、自由、博爱”革命倾向的蔓延，利奥波德二世竭尽全力团结欧洲君主，以武力捍卫法国君主制。
1792年，利奥波德二世正式与普鲁士结盟，以武力干涉法国。但后来他突然去世了。然而，他的儿子罗马皇帝弗朗西斯二世继续推行他的政策，并于次年与普鲁士、撒丁岛、英国、荷兰和西班牙结成了第一个反法联盟。但1797年，该联盟被拿破仑领导的法国和意大利军队击败，被迫进行和平谈判，最终解体。
1799年，欧洲列强利用法国军队的机会，在埃及诱捕拿破仑军队，再次发动反法战争。这一次，帝国与英国、土耳其和俄罗斯组成了第二个反法联盟。然而，同年年底，拿破仑独自回国，发动了“月雾叛变”，获得了法国的军事和政治权力，成为法国第一位君主。

此后，拿破仑亲自指挥意大利军队，转而面对反法国家，并于1800年击败了联盟。帝国不得不与拿破仑和解，解散反法联盟。拿破仑在叛变三周后的声明中宣布“大革命结束了”，这让欧洲列强稍微放心了一点。此外，他们的力量遭到破坏，因此他们暂时放弃了反法行动。但拿破仑的野心使欧洲在短短几年内就开始了战斗。
1804年5月18日，拿破仑宣布自己为皇帝。弗朗西斯二世皇帝看到法国大革命和拿破仑的崛起加剧了德国公民国家的分化，并担心法国会再次扩张，不得不与帝国竞争。因此，他决定联合英国、俄罗斯、瑞典和那不勒斯组成第三个反法联盟。1805年，在俄罗斯军队的支持下，帝国入侵了法国的盟友巴伐利亚。那不勒斯和帝国军袭击了拿破仑在意大利的盟友。
但拿破仑反应迅速，从他的土地上穿过莱茵河。12月2日，法国、俄罗斯和圣罗马在奥斯特利茨领导了一场“三帝之战”。拿破仑不仅维护了巴伐利亚州，还入侵了哈布斯堡的摩拉维亚地区，将帝国军队赶出意大利，并击败了俄罗斯在普鲁士的援军。
同年12月16日，法国和帝国最终签署了普雷斯堡和平条约。和平条约签署后，拿破仑决定成立莱茵河联邦，并将自己作为保护国，以巩固拿破仑帝国东部的盟友。
1806年，在拿破仑的胁迫和鼓励下，神圣罗马帝国16个邦的成员签署了《莱茵河联邦条约》，留下帝国加入莱茵河联邦。与此同时，为了吸引更多国家加入邦联，拿破仑决定亲自结束神圣罗马帝国。因此，他向弗朗西斯二世皇帝发出之后通牒，要求他解散神圣罗马帝国，放弃神圣罗马皇帝和罗马人民国王的头衔。
1806年8月6日，弗朗西斯二世放弃了神圣罗马皇帝的头衔，只保留了奥地利帝国的头衔。神圣罗马帝国灭亡了。

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