公元4世纪，在罗马皇帝君士坦丁一世控制这座城市期间，随着圣墓教堂的建造，耶路撒冷变成了一个教中心。当时，虽然犹太人仍然被禁止在耶路撒冷居住，但他们已经在阿波的第九天开始在西墙前哭泣。
在罗马帝国分裂后的拜占庭帝国统治下，这座城市受到了很好的保护，不受教的影响。当时对宗教相对宽容，从 5 世纪开始，犹太人再次被允许在耶路撒冷居住。
638 年，阿拉伯帝国的第一个征服目标是耶路撒冷。尽管《》中从未提及耶路撒冷，但ysl传统认为，先知升天在耶路撒冷接受《》。
于是，691 年，阿拉伯哈里发阿卜杜勒·马利克在圣殿山的原址阿森松石上建造了圆顶寺（Sahra Mosque）。传说亚伯拉罕准备在这个地方献祭他的儿子。犹太人认为他牺牲了小儿子伊萨克（Isaak，也译作伊沙克），认为他牺牲了长子伊斯梅尔（Isimael）。亦译以实玛利或以实玛利）。
三个世纪后，他们在这里建造了阿克萨寺。在统治的早期，他们在宗教上更加宽容，居住在耶路撒冷的徒和犹太人可以在缴纳人头税后获得自治权。但在 11 世纪初，埃及的哈里发下令摧毁耶路撒冷所有的教教堂和犹太教堂。
1099 年，第一批十字军围攻耶路撒冷，仅仅一个多月后，即 7 月 15 日，耶路撒冷被十字军占领。十字军进城后，屠S了城里大部分的和犹太人。此后至1291年，十字军建立耶路撒冷王国，不准入城。

1173年，一位来到耶路撒冷的人写道，耶路撒冷是一个充满东正、亚美尼亚人、希腊人和格鲁吉亚人的小城市，只有200名犹太人居住在城市的一个角落。 1187年，埃及君主萨拉丁收复了耶路撒冷。
1219年，大马士革苏丹下令摧毁城墙，1228-1229年，神圣罗马帝国皇帝腓特烈二世组织第六次十字军东征，通过与埃及签订条约获得耶路撒冷。
1239年，他开始重建城墙，但不久又被拆除。 1243年，徒再次占领耶路撒冷并重建城墙。 1244年，被蒙古征服的花剌子模在逃亡中占领了耶路撒冷。教皇英诺森四世发动了第七次十字军东征，但未能夺回耶路撒冷。
1247年，花剌子模被埃及人驱逐，1260年，埃及奴隶骑兵马穆鲁克攻占该城，耶路撒冷的犹太人不得不逃往周边村庄避难。
1482 年，一位来访的多米尼加神父说，耶路撒冷是“一个居住着几个不同民族的城市，它是所有罪恶的聚集地”。他将撒拉逊人、希腊人、叙利亚人、东正、景教派、亚美尼亚人、格鲁吉亚人、马龙派、贝都因人、刺客、和“最可恶的”犹太人列为罪恶。只有罗马天主“在心中期待王子的到来，将所有国家置于罗马教会的统治之下”。
1517 年，奥斯曼帝国占领了耶路撒冷，并控制了这座城市直到 20 世纪。这时，耶路撒冷又开始繁荣起来，城墙和旧城也重建起来，城内可以存在任何宗教，但后来奥斯曼帝国无能的统治机构导致耶路撒冷的经济陷入缓慢衰退。

到 19 世纪初，耶路撒冷的人口不足 8,000 人，但仍然是对犹太教、教和ysl教重要的城市。
这座城市的居民分为四个部分：犹太人、徒、和亚美尼亚人。主要居住在圣殿山附近（东北），徒主要居住在圣墓教堂附近（西北），犹太人主要居住在哭墙上方。在山坡（东南），亚美尼亚人主要生活在西南部。
虽然这种划分不是绝对的，但它是后来在英国执政时期（1917-1948）将城市划分为四个区的基础。主要宗教中有许多教派。例如，圣墓教堂被希腊东正教、罗马天主教、亚美尼亚教会、埃及教会和埃塞俄比亚教会使用。各个教派相互冲突，因此祭坛的钥匙必须交给一个“中立”的家庭保管。

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