早期文明
关于日本列岛上被确认过的人类历史，大约可以追溯到3万年前至10万年前。约1.2万年前左右，因末次冰期结束而开始急剧温暖化，使得人们的文化与生活产生极大变化，全岛进入下个绳纹时代。
约1.2万年前左右开始被称为绳纹时代。分为草创期、早期、前期、中期、后期、晩期这6期。这个时候的人们制作绳纹式陶器、早期以后迈向定居化，大部分住在半地穴式房屋（竖穴式住居）。使用弓箭狩猎、贝冢渔捞、采集植物等经营生活，使用打制石器、磨制石器、骨角器等等。也进行栽培，后期到晩期间种植稻。
在日本神话中，太阳神天照大神的后裔神武于公元前660年建立日本国并即位为。
弥生时代
弥生时代（やよいじだい）公元前300-公元250年日本古代使用弥生式陶器的时代。其文化称弥生文化。1884年这种陶器首次在东京都文京区弥生町发现。弥生时代在绳文时代之后，古坟时代之前，于公元前300年至公元250年之间存在。可分前、中、后期。
弥生文化是在绳纹文化的基础上，受到大陆（包括我国和半岛）文化的影响而产生的。它首先出现于九州北部并逐渐向东发展，到了后期基本上遍及除北海道以外的日本全境。
弥生时代普遍有了以种植水稻为主的农业；开始使用铜器铁器；原始社会开始逐渐向阶级社会过渡；与我国、半岛交往频繁，深受大陆文化的影响，使日本逐渐成为一个农业社会。
弥生时代中期，位于九州的奴国国王向汉朝朝贡，并获赐金印。
到了2世纪后半期，各小国内战频繁，直至3世纪中叶才出现较大的“大和国”，后经过长期的扩张，并且逐渐征服了日本中部大部分地方，其首领最初称为“大王”，后来改称。
古坟时代
古坟时代（Era of Great Tombs，假名：こふんじだい），又称大和时代，日本继弥生时代之后的时代，从公元250年开始，迄于公元538年，因当时统治者大量营建“古坟”而得名。
古坟的分布基本上遍及本州岛南部，以奈良、大阪的大和盆地为主，北海道则未发现。这一时期的坟墓为巨大的穴式土堆，四周有壕沟，“前方后圆”形式的墓制具有代表性，坟的周遭围绕着中空的黏土塑像，这些筒状土制人偶可能是殉葬用的，称之“埴轮”。
建筑这些坟墓需要花费大笔金钱，只有少数的统治阶级能够负担，截止2013年发现有71座，钥匙孔形的古坟最常见，大阪的大山冢，又名“仁德陵”据悉为全世界较大的古坟。
古坟里通常有许多铜镜、珠宝等物品，到了后期，古坟里还有兵器和盔甲。古坟时代分为前期、中期、后期。从8世纪初开始，火葬流行，古坟逐渐式微，并开启了佛教建筑的时代。
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