1096年8月，十字军正规军按照约定开始东进。1096年11月至1097年4月期间，四位主要的十字军在君士坦丁堡城墙外集结。韦尔芒杜瓦是第一个到达的，随后是戈弗雷、雷蒙德和博希蒙德。阿列克谢对这支军队的到来准备得比较充分，这支正规军基本没有骚扰拜占庭。
虽然当时有很多目击者记载了那支军队的大概人数，现代很多历史学家也做过考证，但对于第一次东征的十字军总兵力，还是很难做出准确的估计。学者大卫·尼科尔(DavidNicol)估计十字军的人数在30,000到35,000人之间，其中包括5,000名骑兵；雷蒙德人数最多，有8500名步兵和1200名骑兵。
1097年上半年，十字军渡过海峡，隐士彼得和他剩下的平民十字军加入了新来的军队。此外，阿历克塞还派出两名拜占庭将军曼努埃尔·贝托米特斯和塔蒂吉奥斯前来助攻。十字军将他们的第一场战斗瞄准了尼西亚。尼西亚原本是拜占庭统治下的一座城市，但在沦陷后成为罗马苏丹国基利亚阿尔斯兰一世的首都。
阿尔斯兰在安纳托利亚中部与土库曼人的丹麦曼德王朝作战，他低估了来自西方的十字军东征，将自己的国库和家人留在了尼西亚城。十字军随后对这座城市进行了长期围攻。
阿尔斯兰闻讯后勒马，于5月16日向十字军发起进攻，却被意想不到的大队人马逼退。在随后的战斗中，基利亚阿尔斯兰一世在敌军前后方损失惨重。
6月底，十字军继续穿越安纳托利亚半岛，这期间有拜占庭将军塔蒂吉奥斯的部队陪同，他们也相信阿列克谢会派出更多援军帮助他们。

为了便于指挥，十字军分为两个小队，分别由诺曼人和法国人率领。两支队伍同意在多瑞姆城会师，但移动速度更快的诺曼人在7月的第一天遭到了阿尔斯兰的袭击。尼西亚被击退后，阿尔斯兰集结了更多的军队进行反击，并用机动性极强的骑射弓箭手包围了诺曼十字军。
被围困的十字军“排成严密的防御阵型”，将补给和非战斗单位藏在阵型中央，派人突围求援。法国人率领的十字军随后赶到，戈弗雷冲破土耳其人的前线，阿希马尔主教从后方追上；士兵们撤退了。
随后十字军长驱直入，但阿尔斯兰在返回途中烧毁了所有值钱的东西，所以快行军并不那么愉快。酷暑期间，十字军缺粮缺水，军中许多人畜因此死亡。沿途的一些教同胞有时会为军队提供一些食物，但远远不够行军所需，所以十字军一有机会就大肆掠夺。
个别将军主张全面领导，尽管除了公认的精神领袖阿希马尔主教外，没有一个人的实力足以掌控全局。穿过奇里乞亚山口后，鲍德温沿幼发拉底河进入亚美尼亚，在此期间，他唯一能宣称欧洲领土和财富的途径因妻子在途中去世而断送，使他没有理由返回欧洲。
鲍德温决心在圣地拥有自己的领地，他考虑让他的父亲埃德萨的索罗斯担任埃德萨的军事长官。索罗斯虽然是亚美尼亚人，却宣扬希腊东正教，引起不少不满。1098年，索罗斯在一场很可能由鲍德温煽动的骚乱中被谋杀。3月，鲍德温继任新统治者，建立第一个十字军国家埃德萨区。
7月13日。雷蒙德的军队从南门进攻，而其他士兵则冲进北墙。起初，普罗旺斯人在城市南部进展甚微。北方的十字军表现更好，缓慢但稳定地消耗了敌人的防御者。7月15日，两端同时发起之后一击，北内城墙终于被攻破。陷于失守的恐慌中，守军放弃两端继续防守，十字军攻破了城池。

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