东汉的中央构成遵循西汉官制，以三公九卿为基本架构。但是，实际的政治权力完全转移到了尚书台。东汉皇帝即位后，往往以师傅、太尉的身份记录尚书事，总结政务。东汉不设丞相（东汉末年曹操就任丞相是特例），刺史成为一级地方长官，地方军的职权也大大削弱。
御台体制被贬低，成为少府属官。武士中从西汉的加官转变为正式的职务，将武士中寺设置为武士中的正式官署，隶属于少府。
与西汉以太师、太傅、太保为上公不同，东汉唯以太傅为上公，没有太师、太保。汉献帝末期，曹操迁都许昌，以太师自居，位于太傅。这是权臣擅自行使权力，死了就会被废弃。根据《汉官》的记录，太傅所属官吏中有长史一人，秩千石，长史是太傅府群吏的长，掌章奏，顾问。坞属是比较高级的属吏，分属曹工作。令史、御属是比较低级的官员，处理文件、车马等细微的事情。
东汉在遵从西汉制度的基础上，确立了更适合自己的政治制度。与西汉相比，东汉官制较大的特点是“三公置，事归台阁”，三公的权利弱化，取而代之的是“尚书台”和六曹机构的权利大幅强化，这就是后来的“三省六部制”雏形。

在加强封建中央集权方面，刘秀采取了一系列措施。东汉中央的官员分为省官、宫官和外官三个系统。内官、外朝的区分自古以来就有，宫廷中皇帝日常居住的区域被称为省中（也称为禁中），因此内宫的官员也有宫官和省官的区分。在皇帝身边执役，照顾皇帝日常生活的是宦官，省里的宦者都属于黄门令管辖。省内的禁卫工作也由宦官担任。
刘秀即位，设置了大司徒、大司空、大司马。
大司徒负责人民的教化，负责礼仪礼法的各项工作，共同讨论太尉、司空和皇帝交议的国政，定议后演奏会的头衔。
大司空负责水利工程、城防建筑、宫室建设等事务，共同讨论太尉、司徒和皇帝提出的国政，并在定议后演奏会议的头衔。
大司马负责全国军官的考核，每年年末，评定等次，上奏皇帝作为军官升职、降调的依据。
东汉一朝，因为重视经术，在太臣中以太傅为首。太傅由此向太子灌输了自己的政治理念。太子即位后，太傅录尚书事多，成为事实上的丞相。历史上，赵夫子、邓彪、张禹、冯石、冯太傅的死，除了这个官外，都表现出崇重。汉灵帝时，陈蕃为太傅录尚书事，后陈蕃被处死，胡广继任是唯一的例外。
西汉模仿秦制，皇帝之下，中央较高行政长官被称为丞相或相国，丞相有一两人（左右丞相）。仅次于丞相的是太尉和御史大夫，分管军政和监察。后丞相又改称大司徒，太尉又称大司马，御史改称大司空，合称三公，三公上有上公（太师、太傅、太保），作为荣誉职，未被常设。在三公之下，分九卿，总结庶政，有九卿以外的列卿宫官和将军尚书台。
也出现在汉以后历代王朝政治体制的进化中。汉朝采用官吏的征收制度和举孝廉制度彻底改变了先秦时代的世卿世禄制度及其遗孤，开创了我国几千年的文官治国制度。
三公九卿ān gōng jiǔqīng）根据《史记》记载，“听古代圣人说，如果不在朝廷，一定会在卜医中。现在，我已经看过三公九卿的朝士大夫，都知道了。在试卜数中观取。”三公是我国古代最受尊崇的三个官职的合称。周代已经有了这个词，西汉今文经学者根据《尚书大传》、《礼记》等书，三公指司马、司徒、司空，古文经学者根据《周礼》将太傅、太师、太保作为三公。西汉初承秦制辅佐皇帝治国者主要是丞相，也有较高军事长官太尉，但没有常驻。
武帝时期受经济学的影响，丞相和太尉被称为三公。西汉时九卿是列卿或众卿的意思。先秦的文献中有三公九卿的说法，秦没有这样的制度，西汉初也没有九卿的名字。汉武帝以后，受儒家复古思想的影响，人们以中两千石的高级官员附会于古代九卿。

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