要评价秦始皇，有必要先对他的思想进行研究。因为任何人的行为都要受到思想的支配，可以这样说，始皇的前半生是“脑袋决定”的半生，而后半生则是“决定脑袋”的半生。
所谓“脑袋决定”，即思想决定行动。在始皇的一生中，他始终是法家思想的坚定信仰者。任何思想都有其优点和缺陷，法家思想也不例外。始皇前半生对法家思想的运用主要集中在其优点上，也顺应了时代的要求，但其后半生则大量运用法家思想的阴暗面，从而使秦王朝出现了统治危机。
战国时期，百家争鸣，文化十分繁荣，但秦国的思想文化却极为落后，没有一个学派是在秦国诞生的。这并不是说秦人不渴望文化，而是他们一直在寻找一种能使得秦国富强的实用主义思想。当商鞅携带着魏国的《法经》到秦国后，秦孝公立即认可了商鞅的法家思想，认为他能带领秦国走向富强。
果不其然，商鞅变法后，秦国迅速走强，法家思想也被秦国朝野上下奉为至宝，以法家思想治国也就成了秦国历代国君的政治传统。始皇继位后，李斯受到重用，不久韩非入秦，进一步加深了始皇对法家思想的认识，在后来兼并六国的统一战争中，始皇进一步看到了以法家思想立国的秦国对其他国家的绝对优势。这样，法家思想就深深地融入到了始皇的血液中，成为其不自觉的思维模式。
秦王朝建立后，在李斯的建议下，始皇建立起了专制主义中央集权的行政体制，这正是韩非的设想，虽然韩非死了，但他的设想却在秦王朝变成了现实。后来始皇焚书、坑术士等活动，也都是受到法家学派的影响而做出的举动。
在法家思想的影响下，秦始皇形成了钢铁般的意志力，也建立起了铁血信仰。在他看来，自己就是世界的主宰，世间万物都要服从自己的意志。在他心目中，世间没有办不成的事，只要下定决心就一定能办到。正是这种思想，使始皇确立了强权即是真理的行为模式，万事都讲求以为后盾，因此，他虽然办成了许多前无古人的大事，但也在做这些事的过程中失去了人心。
此外，始皇重视法治，司马迁说他：“刚毅戾深，事皆决于法，刻削毋仁恩和义。”始皇认为，统一天下要靠武力，治理天下不仅要以武力为后盾，还要健全法律，这种思想在专制时代是极为难得的。始皇在各个领域制定了一系列法律法规，使秦朝国家生活的各个方面都有法可依，这有利于新生的秦王朝迅速稳定统治秩序。在始皇巡游刻石的过程中，李斯作为刻石的负责人，多次提到了这一点：“皇帝作始，端平法度，万物之纪”、“治道运行，诸产得宜，皆有法式”。这其中虽有歌颂德的成分，但始皇对法治的重视由此可见一斑。
任何思想都不是完美的，法家思想也不例外。由于始皇过分推崇法家，尤其是推崇韩非的法家思想，就使得他过分重视法治而忽略了道德的作用。在韩非看来，人与人之间是没有感情可言的，都是裸的利害关系，道德是无力的，必须严刑法治才能规范人们的行为。这一极端的思想对始皇的统治产生了不利的影响。因为法治固然重要，但是它无法调节人们的所有行为，一个稳定的社会，不仅需要法律规范人们的行为，还需要道德作为润滑剂，使社会的运转更为顺畅。
始皇没有意识到这一点，因此秦国的统治固然强力，但它就像一架有强大的发动机和制动却没有润滑油的飞机，刚刚起飞就因为磨损过度而坠毁。由于缺少必要的道德支撑，秦国的君臣关系和皇室内部的关系都不完善，这就使胡亥杀死自己的骨肉兄弟没有什么道德顾虑，他只要考虑是否符合自己的利益即可，这就大大削弱了秦z权抵御风险的能力。当农民起义爆发后，秦z权内部也出了大问题，大大削弱了秦z权一致对外的能力，直接导致了秦王朝的灭亡。
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