始皇的性格是矛盾的，这一点决定了他一生中做的大多数事情都充满了矛盾。首先，他是残暴和宽容的结合体，对于他认为的敌人，无论是六国势力还是秦国国内的政敌，他都表现得极其冷酷凶残，毫不怜悯。
在秦国之外，当秦军攻下赵国首都邯郸后，始皇亲自前往邯郸，下令坑杀了那些在他小时候和他母亲家有怨仇的人。这是他在灭六国期间唯一一次到达敌国首都，这次显然不是为了督战或其他目的，就是为了向仇家复仇。
在秦国国内，当嫪毐和吕不韦威胁到了他的统治时，他毫不手软地将二人除掉。嫪毐罪有应得，但吕不韦既对秦国有恩，又对他的父亲有恩，可以说没有吕不韦的谋划，他根本不可能登上秦国的王位，但始皇丝毫不念及往日的恩情，逼吕不韦自裁。在嫪毐案发后，他囚禁了他的尊重母亲赵姬，丝毫不讲母子亲情。尉缭曾这样描述秦王其人：“秦王为人，蜂准，长目，挚鸟膺，豺声，少恩而虎狼心，居约易出人下，得志亦轻。我布衣，然见我常身自下我。诚使秦王得志于天下，天下皆为虏矣。不可与久游。”
在尉缭看来，始皇面露凶相，高鼻梁，长眼睛，声音像豺，心毒如虎狼，不讲恩情，睚眦必报。这些描述，确实抓住了始皇性格中残暴的一面。秦王朝建立后，始皇残暴的一面更加显露无疑。在始皇发现自己被卢生等术士欺骗后，便大发雷霆，下令搜捕，结果坑杀了四百六十多人，这些人中大多是无辜的，但始皇讲求除恶务尽，宁可错杀一千，决不放过一个，大批无辜之人就这样惨死在他的暴虐之下。
但残暴只是始皇性格中的一方面，他像是黄金圣斗士中的双子座，左脸上的表情是凶狠残暴，右脸上的表情却是大慈大悲。始皇对待那些被他定义为“敌人”的人，是决不手软、毫不留情的，但他对待那些被他定义为“人才”的人，却能做到虚心倾听，宽厚仁慈。
始皇天生具备帝王的气质，最集中地表现为他能识才、爱才、用才。始皇在位期间，猛将贤臣如云，这一局面可以和汉初刘邦手下的人才盛况相媲美。当时，华夏大地较优秀的将领王翦、王贲、王龁、蒙恬、蒙武、李信，较优秀的谋臣李斯、王绾、冯劫、冯去疾、蒙毅，都集中在了始皇的麾下，其中有不少人是文武全才。上文曾说过，秦国的思想文化是最贫瘠的，因此本土人才较少，但始皇用人不问出处，只问有没有真才实学，能不能为秦帝国服务，因此大批优秀人才得以齐聚秦国。
始皇对这些人才礼爱有加，把他们放到了各自最擅长的领域，让他们充分发挥自己的才华。而且，始皇在与这些人相处时，基本能够做到言听计从，虚心纳谏，尤其是在其执政的前期。例如，秦王听信保守势力之言，下了逐客令，但李斯上了《谏逐客书》之后，始皇欣然采纳，不仅没有怪罪李斯，还对李斯委以重任，使李斯的才华得以充分发挥。
在对楚作战时，始皇和大多数将领都有了骄傲轻敌的情绪，听信了李信的谋划，只派了二十万秦军出征，结果秦国遭到前所未有的大败。但此次失利后，秦王并没有怪罪李信，而是做了自我检讨，承认是自己骄傲轻敌才导致了秦军的失败，然后他多次向王翦认错，请王翦出山，并承诺出兵六十万，终于灭掉了楚国这一强敌。
在生死观上，始皇同样表现出了矛盾的一面。他本是法家思想的推崇者，从荀子以来，历来法家学派都主张无神论和唯物论，但始皇并没有吸收法家的无神论思想。从他历次巡游和寻仙问药的行为看，他是一个坚信鬼神存在的人。他一直相信海上有神仙存在，让一批又一批的术士前去寻找，虽然他屡次受骗，但依然执著地相信有不死之药在等着他。一直到死，始皇也没能从对鬼神的信仰中解脱出来。但在追求长生不老的同时，始皇也同样确定自己会到另一个世界，于是不惜大兴土木，为自己建造空前绝后的巨型陵墓，以便死后可以继续享受。
此外，始皇人生中的矛盾还表现在许多方面。例如，他具有高瞻远瞩的战略眼光，能够洞悉世事，成地指挥和完成了灭六国的历史任务，但与此同时，他又显得目光短浅，实施了许多劳民伤财的享乐工程，导致民怨沸腾。
总之，始皇的一生是矛盾的一生。他是雄才大略的圣君明主，奋六世之余烈，一统天下；修长城、筑驰道、开灵渠，泽被后世；推行三公九卿制、郡县制、统一货币和度量衡，利在千秋。但他又是劳民伤财的暴君，以法为教，以吏为师，厉行文化专制；焚书坑儒，滥施；寻仙问药、修筑阿房、建造秦陵，劳苦天下百姓。
假如始皇不是活了五十岁，而是在其四十岁时就暴病而亡，那时候，他还没有寻仙问药，还没有修筑阿房、建造秦陵，那时候，他做的都是在当代、利在千秋、泽被后世的好事，那天下不知会有多少人拿他与尧舜相比。但很遗憾，历史不能假设，始皇就是活了五十岁。一个有血有肉，一半是天使一半是魔鬼的始皇，不是显得更真实吗？
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