[拼音]：zinangjun yamen

[外文]：Ascomycotina

真菌门中较大的 1亚门。本亚门与担子菌亚门因结构复杂，合称高等真菌。主要特征是形成子囊，子囊中含一定数目的子囊孢子，子囊孢子在核配和减数分裂后以游离细胞方式形成。水生或陆生。腐生在多种多样的基物上或寄生在很多种的动植物上，也有许多子囊菌可与藻类共生形成地衣。

较早的分类很少考虑地衣子囊菌的特征，而是依据非地衣子囊菌的子囊果性质、子囊特征和排列方式，本亚门下分半子囊菌纲、不整囊菌纲、核菌纲、腔菌纲、虫囊菌纲、盘菌纲6纲。

有的真菌分类学家倾向于在亚门以下暂不分纲和亚纲，而直接分为目和科。例如O.埃里克松在《1983年度子囊菌大纲》中，把子囊菌直接分为44目，226科;D.L.霍克斯沃思等人在《安思沃思-比斯比真菌词曲》(1983)中，把子囊菌直接分为37目。

关于子囊菌的起源，占优势的看法是来自红藻，或来自接合菌。

在子囊菌亚门真菌中，有许多种类是重要的植物病原菌，也有的种类可以引起人和畜的深部疾病。同时，也有许多种类是食品、发酵、医药等工业用菌。

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