一、东晋的掌权者并非皇帝，而是世家大族
东晋虽然是司马氏z权的延续，但由于南迁后的司马氏在政治上威望不高，所以朝廷基本由世族大家所把持，如出身琅琊王氏的王导，以及其后陈郡谢氏的谢安、谢玄等。而世家大族中，有南迁而来的王、谢、袁、萧等侨姓，也有本身居于江南的朱、张、顾、陆等吴地大族。
最初，东晋全靠权臣王导主持大局，一方面拉拢江南士族，一方面又安置从中原南下的士族，并以司马氏作为共同拥戴的对象，司马氏实际上成为傀儡。世家大族本身并不真正忠于司马氏，尤其是他们本身都拥有大量田地，以至拥有私人部曲，有足够实力抗衡司马氏z权。
最初有王导主持大局，东晋z权得以稳定，故时人称“王与马，共天下”。但由于侨姓世族挤占吴姓世族的利益，在朝堂上也多方打压，使得世族之间在政治及经济上的冲突不断。加上世族对寒族歧视、造成上品无寒门，下品无世族的畸形政治生态。
二、东晋后期爆发的孙恩、卢循起义严重动摇其统治
东晋末年所爆发的孙卢起义，从晋安帝隆安三年（399年）爆发，一直持续到晋安帝义熙七年（411年）才宣告平定，持续时间长达11年。变乱造成的影响一是导致东晋直属三吴地区发生大饥荒，致使当地人口损失过半，士族门阀位于此地的庄园也被战火毁坏；二是自谢琰战死后，东晋门阀子弟再没有出现掌兵之人，加上庄园被毁，使门阀士族的整体实力大为削弱；三是变乱的产生同样是时势造英雄的时刻，刘裕就借着这次变乱成发迹。
三、司马家二次诞生痴傻皇帝
东晋传到晋安帝时，没想到司马家出现了第二个痴傻皇帝，晋书记载：“帝不惠，自少及长，口不能言，虽寒暑之变，无以辩也。凡所动止，皆非己出。”意思是，安帝没开窍，从小到大连话都不会说，就连冬夏的区别都认不出来，因此朝廷的权力实际上完全由当朝大臣掌握，没有一道诏旨，一个行动是出自安帝自己的本意。这个情况基本上比晋惠帝还严重，不知司马家是不是真的被司马懿提前预支了智商。
四、宗室的与贪婪
晋安帝时，东晋朝堂上掌权的依次是宗室司马道子及其子司马元显。这父子二人，一个酗酒，一个贪财，不过他们都有一个共同点，就是都宠幸奸佞小人，以致朝政昏聩，四方变乱，最终死于桓玄之手。
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