[拼音]：jisuo dongwu men(huashi)

[外文]：Chordata(fossil)

脊索动物曾包括 4个亚门，即半索动物亚门、尾索动物亚门、头索动物亚门和脊椎动物亚门(Vertebrata)。脊索动物化石中最重要而引人注目的首推脊椎动物化石。其次是半索动物亚门的笔石纲，在寒武纪至早石炭世是很重要的化石门类之一，广泛分布于世界各地。近年由于已单独建立半索动物门，随之笔石化石也被排出脊索动物化石之外。

头索动物长期来未发现化石，1981年报道在南非二叠系中发现了头索动物化石。

尾索动物化石迄今只有少数报道。B.派尔曾将瑞士渐新世页岩中发现的一些印痕解释为海鞘类，但至今未被生物界及古生物界所承认。近年在我国南方早寒武世黑色页岩中亦发现一些微小痕迹，被认为是尾索动物亚门幼形纲动物的化石。但由于年代太久远(距今6亿年左右)、个体太小（只有8～12微米，约为0.1毫米，小于某些现生尾索动物的 ）和生物结构不清楚，未被生物学界和古生物学界承认。

其他如布尔吉斯页岩中有可疑的脊椎动物化石 Pi-kaia等。

1967年R.P.S.杰弗里斯再次提出原属棘皮动物门海扁果亚门的海桩纲(Stylophora)应属脊索动物中一个独立的钙索动物亚门 (Calcichordata)。他认为所有的钙索动物都有一个大而重的、覆有碳酸钙骨板的头和一个尾。在化石上发现了一些可以与脊索动物的咽、鳃裂、脑、心外膜、肠系膜的口腔、食道、直肠等相对比的结构特征。并认为钙索动物只有桩首纲（Stylophora）一个纲，其下分为较原始的角首目 (Cornuta)和从角首类演化出的帽首目(Mitrata)。而头索动物的祖先可与帽首目中发现于捷克波希米亚中奥陶统的长颈袋首Lagynocystis有关，尾索动物的祖先可与帽首目中同样产于波希米亚中奥陶统的槲袋首Balanocystites有关；而脊椎动物的祖先可能与发现于波希米亚和法国的中上奥陶统以及德国下泥盆统的帽袋首 Mitracystites的祖先类型有关。但这一意见仍未被所有的生物学家和古生物学家所接受。

脊椎动物亚门的差不多每一个目都有众多的化石种类，还有一些绝灭的目和纲。古脊椎动物学专门研究脊椎动物亚门化石及有关脊椎动物起源、进化、不同地质历史时期的地理分布等有关问题，成为古生物学中的一个重要分支。

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