汉军没有从第一次战斗中获益。四月，朱儁军的军队被博才黄巾打败并撤退。皇甫嵩不得不与他一起保卫长社。城被伯才率军围攻，汉军人数少，士气低落。此外，汝南黄巾军在少陵击败太守赵谦，广阳黄巾军击杀郭洵、幽州刺史、太守刘维。
五月，京城见皇甫嵩被围，派曹操率军救他。不过，在援军到来之前，皇甫嵩心里已经有了一个打算。傍晚，刮起了一阵强风。皇甫嵩下令手下手执火炬偷偷出城。他们利用黄巾周围的野草，用火攻击敌人，并大声攻击。作为回应，顶部还举起了手电筒。皇甫嵩击鼓见证战斗，冲进敌阵。黄巾军一片混乱，四处乱跑。遇到曹操援军，被皇甫嵩、朱儁军、曹操三人围攻，杀戮数万人，汉军大获全胜。

六月，南阳知府秦杰与张满城交战，斩张满城。黄巾军取代赵洪为统帅，以十万余人占领了皖城。但皇甫嵩、朱儁军的大军继续攻打汝南、陈氏黄巾军，将伯才追至阳寨，最终在西华大败彭拓，大败敌人，在禹州成击败黄巾军。反观陆植，数次战败张角，斩杀一万余人。
张角只得退守广宗，陆植筑砖、挖沟、筑梯攻城。灵帝派左峰视察军情时，有人劝陆致贿赂左峰，陆致拒绝，于是左峰诬告陆致与灵皇交战无效。灵帝大怒，用囚车将陆植送回京城。京城不得不下诏调整：皇甫嵩北上东郡；朱儁军攻打南阳赵虹；董卓换下陆直。五斗米道同样的宗教形式在伯克郡起义，“五斗米主”首领张修攻打县城，但没有受到韩家的重视。
朱儁军、荆州知府、秦桀徐秋合围赵洪一万八千人，六月至八月未能攻下。但朱儁军还是冲上去攻打赵虹，赵虹被杀，被韩忠代替。朱儁军被少数士兵击败，随后扩大防御围城，筑城筑山守城。朱儁军军击鼓攻西南，黄巾军被带走。朱儁军亲自率领5000精锐部队掩护东北，攻敌后方，攻城略地。韩忠不得不退到市中心。
黄巾军心灰意冷，向汉军投降。张超、许奇、秦杰都认为可以接受，但朱儁军认为，如果接受了，就会利民成贼。朱儁军上山察看黄巾军，发现黄巾军无路可走，拼命战斗，未能攻克。
朱儁军解散了他周围的军队，韩忠真的出去战斗了，被朱儁军打败了。朱儁军向北追韩忠数十里，斩杀一万余人，韩忠投降，秦桀一直与韩忠不和，所以杀了。这一举动让黄巾军很不爽，把孙夏推到了万中城的统帅位置。朱儁军再次进攻，十一月桂思日，孙夏被击败，汉军追击鄂西景山。公元185年春，老师回到北京。

另一方面，皇甫嵩于8月抵达东郡县苍亭，生擒卜己，斩7000余人。但董卓对张角的进攻未果，他也没有成返回，所以他让皇甫嵩在乙思这一天继续北上。然而，张角已经病逝，十月，广宗与张梁交战。张梁的军队顽强，一战不败。
明日，皇甫嵩闭营与兵休。另一方面，他派人观察敌人的行动。黄巾人不太愿意战斗。皇甫嵩夜间率军，黎明突入敌军，斩杀张梁三万余人，逃往河岸时淹死五万余人，烧毁车辆三万余辆，俘虏多人。另一边，张角被破棺材屠戮，头颅被运回京城。十一月，皇甫嵩、巨鹿太守郭典攻打曲阳，成斩杀张宝，俘虏十万余人。黄巾军的混乱平息了。

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