南宋时代，杭州的教育事业十分发达，当时朝廷在杭州开设的学校有太学、武学、宋学，称为三学，其中太学是全国较高学府。

南宋国子监分太学、宗学、武学三门。大学生是普通的士子，宗学生是皇室的子弟，武学生是军事人才，被称为“三学”。绍兴8年（1138）定为都临安后，城内陆续建起了太学、宗学、武学、医学、算学等中央学校，把临安作为全国文化教育中心。
太学
太学是南宋的较高学府，建于绍兴十三年（1143年）。校舍从岳飞的旧宅扩建，位于位纪家桥东、前洋街北。学校分为孔子庙、教育区、斋舍区三部分。孔子庙位于西部，以大成殿为主体，殿内供奉孔子像，两虎为孔子七十二徒弟像添彩。
每年春秋举行祭礼。殿后在光尧石经阁内，藏有宋高宗和吴皇后的手书《易经》、《诗》、《尚书》、《左氏春秋》、《礼记》、《论语》、《孟子》等石经，作为太学生学习了儒家的经典标准教科书。教区位于学校的中部，有首善阁、崇化堂等大厅。首善阁藏宋人关于历代教育的“御札、御制”。
崇化堂是太学讲堂，是讲课的场所。斋舍区在学校的东部。初建时有服从、诚意等10斋。绍兴二十七年（1157年）扩建了明善、经德、循环等10斋。学生每宿舍30人。斋舍前有射圃，是太学生练习弓、运动的场所。

南宋太学已有完善的管理机构，设有祭酒主管学校校务。设立司业，协助祭酒综合学校的教务。另外，设置博士、学正、学录、教诲，分担教职。博士掌握教授、考试学校的程文，用德行、道艺训引导学生。学正、学录员执行学规，纠正和处罚犯规学生，协助博士的教育。学谕员由博士授经，传谕学生。
对学生犯规，轻重分五等处罚：轻则闭门几个月，不得进出；重则前廊闲空；如果再重的话，就移齐，转移后，一定要把本斋和舍力一起告公堂，允许释放。如果再重的话就提讼，自己住，也不敢问同舍。再重的话就负责斥责，一生不说话。从南宋太学到宋亡被废弃，前后经历了134年。元代改称为西湖书院。
宗学
宗学是专为皇族子孙读书的学校，由专门掌握皇室宗室的官署宗正寺管理，建于绍兴十四年（1144年），地址为睦亲坊，是内分小学和大学。小学以《论语》《孟子》为基本科目。大学的课和大学一样。教授、博士、设立教诲教授。初建时大学生50人，小学生40人，工作各5人，共计100人。武学武学是一所培养军事人才的学校，建于绍兴十六年（1146年）。
学校所在地在太学的旁边，里面是受成、贵谋、辅文、中吉、经远、检阅的6斋，学生约100人。校长兼任太学祭酒，一个一个地指导武士武谕。教育以各家兵法、武技和历代用兵的成与否以及前世将士忠臣义士的事例为内容。学生有人愿意试兵，给兵以伍肆习。学规都遵循太学例。学习3年，通过考试确定等第，希望从军的人，分别授予正将、副将、准备将等官职。
武学
武学专门培养军事人才，最早可以追随北宋。但是，由于“重文抑武”的政策，武学不被重视。
庆历二年（1043）建武学。学生以一百人为额，以文武官知军事者为教授，参政使臣和门荫、草泽人经京官推荐，让人才弓马考试合格者入学，学习诸家的兵法。3年后参加考试，合格者遵从等第教师，不合格者明年再考试。崇宁年间（1102-106），诸州也设置了武学，仿照儒学制度立考了升贡法，分立了三舍。宣和二年（1120），废州县武学。远渡南面后，绍兴恢复到16年（1146）。

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