魏晋南北朝时期是道教走向成熟化、定型化的时期。这一时期涌现了葛洪、寇谦之、陆修静、陶弘景等一批著名道教领袖人物。他们从神学理论、组织制度以及宗教实践活动各方面对初期道教进行了改造，使道教得以完成从追求救世致太平到追求不死成仙的重大历史转折，使它能够成为封建统治者的御用工具。
魏晋时期，道教分化为士族丹鼎道教和民间符水道教。茅山道人葛洪将道教神仙方术和儒家纲常名教相结合，构建了一套长生成仙体系，为士族丹鼎道教奠定了理论基础。老庄玄学盛行，促进了道教理论的发展。
364年，上清祖师杨羲得南岳夫人魏华存授予《上清大洞真经》等天书玉册，传承上清派；同时期，葛巢甫传承灵宝派，以传授洞玄灵宝部经而得名。民间仍然传播着通俗的道教，巴蜀地区五斗米道继续发展，李特、李雄领导的流民起义得到天师道首领范长生的支持；江南地区流行帛家道、李家道和杜子恭的天师道。
北魏太武帝时期，封建史上第一位被皇帝承认的的天师——寇谦之，称奉太上老君之命，以去除“三张伪法”（张陵、张衡、张鲁）和礼教为原则对北朝道教进行改造，道教成为北魏国教，所以北朝历代皇帝都得临坛受道家法箓，老氏之教大行于天下；南朝宋文帝时期，上清派传人陆修静吸收儒家、佛教仪式对南天师道进行改造。
寇谦之和陆修静的改革，使道教教规教戒、斋醮仪范基本定型，各种规章制度全面系统。南朝梁时期，茅山大宗师陶弘景继续充实道教的神仙学说和修炼理论，构建了道教神仙谱系，广大了茅山上清派，使之成为今后的道门正统。
陶弘景（456—536年）南朝齐、梁时道教学者、炼丹家、医药学家。字通明，自号华隐居，谥贞白先生。丹阳秣陵（今江苏南京）人。是陆修静门徒孙游岳的徒弟。他中年隐居修道于茅山，着手弘扬上清经法，除广泛收集整理上清经外，又撰写带有教派史性质的《真诰》，著有《登真隐诀》、《真灵位业图》等重要道书。建立了较为系统、完善的神仙信仰体系。
晋代、刘宋以来，到茅山修道的人很多，但并未把茅山发展成为上清派的基地。陶弘景居茅山后，开设道馆，招收徒弟，弘扬上清经法，使茅山成为上清派的传道基地，并形成了茅山宗。该宗特点是以上清经箓为主，兼收并蓄各派道法及儒释思想。陶弘景所开创的茅山宗，对后世道教的发展，有着深远的影响。
陶弘景在养生方面主张形神双修，养神与炼形并重。在《养性延命箓》中，他对养神、炼形、行气、导引、房中等养生方法都作了比较科学的阐述。在以医药学方面，他的成就也很大，著作也最多，在祖国医药学史上占有重要的地位。
南北朝时外来的佛教和本土的道教进行了激烈的交锋，在北朝表现为北魏太武帝和北周武帝的灭佛运动，在南朝只是《夷夏论》、《三破论》等义理争辩。同时佛道之间也相互交流，借鉴对方的教义理论。
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