不过，李世民不是个不讲人伦的人，因此，可以想象，“玄武门叛变”是李世民一个解不开的心结。或许正是这个原因，李世民冒天下之大不韪，打破了历代皇帝不能调阅记录自己言行的《起居注》的惯例，成为日后修订历史的重要疑点。司马光在编撰《资治通鉴》时，就明确地指出，《太宗文皇帝实录》中关于玄武门之变的部分不可轻信。
时至今日，经过千余年时间的冲刷，“玄武门之变”的真相早就湮没在历史的长河之中了，而人们面对那千年的历史迷雾时，依然充满探求欲。
揭开这层迷雾，首先应该对太子李建成有一个正确的估计。历来史书所记载的李建成，阴险狡诈，好美色贪，让位于襟怀磊落、英明神武的李世民实属应该，否则我国就不可能有大唐盛世。然而，透过历史的重重浓雾，我们隐约看到，李建成与上述形象是有很大距离的。
首先要说的是李建成的能力。前面我们已经提到，在李家起兵之前，李建成与李世民兄弟并肩作战，所起的作用不相上下。李渊晋阳起兵之后，李建成西渡黄河，攻克隋都长安。随后李世民攻下王世充占领的洛阳。当时，长安的战略地位并不亚于洛阳，甚至犹有过之。李建成在战争初期即占据长安，顿时使唐军成为最有希望问鼎中原的一支割据力量。此后，蜀地的势力不得不下决心依附于唐，西秦霸王薛举被切断在西北成为孤军，王世充占据的洛阳以西也成了死路，当时蠢蠢欲动的突厥更是不得不顾忌强大的唐军，以及坚固的长安城而按兵不动。随后，李建成又与夏王窦建德相持，将当时气势正盛的夏军挡在太原之外，军与李世民相比毫不逊色。虽说李世民更善于用奇兵，并且有虎牢一战的经典战例，但是并不能就此认定李建成的军事能力比李世民差很多。
李世民的军高于李建成，很大一部分原因还在于李建成是太子，后来只镇守长安，没有太多上战场的机会。这样的人物历史上比比皆是，诸如隋炀帝的哥哥杨勇、康熙两立两废的太子胤礽，等等。
再看李建成的人品。史书上最不堪的记载大概就是其与父亲的妃子有私情。有史书说李世民于武德九年（即玄武门之变当年）密奏高祖，说李建成和李元吉后宫，但李渊没有采取过激的行为。这一点看起来似乎不太可能，就算李渊脾气再好，也不会窝囊到让此事不了了之，并且到对当事人继续宠幸的地步。司马光在《资治通鉴》中就含糊道“宫禁深秘，莫能明也”，或许这条罪名本就是莫须有的。
无论是在正史中，还是在稗史小说中，李建成搞内斗的智慧并不高明。虽然他一直以阴谋家的身份出现，但其阴谋却屡屡失败，而弟弟则一举成。这一点让人不能不认为，李建成根本不擅长窝里斗。事实上，李建成不断排挤李世民，起初确实不完全是他的本意，其三弟李元吉在背后点了不少邪火。后来感受到了威胁，才开始主动地排挤这个弟弟。
反过来再看李世民。正史中，李世民对于李建成和李元吉可谓一忍再忍，直至忍无可忍，是忠义孝悌的道德典范。那么，在玄武门之变之前，李世民究竟是否真的一直在被动地忍让呢？似乎不是，相反，根据史书的记载，李世民确有代替李建成的想法。
根据史书记载，武德四年，李世民攻打洛阳前带房玄龄拜访了远知道士，远知预言：“你将作太平天子，愿自惜。”李世民对此话非常重视，当年攻下洛阳后，他招贤纳士，设天策府、文学馆，俨然君王气派。大概此时他已坚定了夺位于建成的决心。
当时大臣封德彝便注意到，李世民自恃勋卓著，不太甘心居于太子之下。可见，在与李建成、李元吉的斗争中，李世民于情于理都处在主动出击的位置。只是，李建成得到了弟弟李元吉以及后宫、朝中多数，甚至父亲的支持，李世民不可避免地处于弱势地位。形势要求李世民必须不断示弱退让，保存实力，营造环境，以求一击必杀。
史书中有一件事让人生疑。突厥退兵后，李渊命兄弟三人进行骑马射箭比赛，一分胜负，李建成将一匹劣马给了李世民，结果劣马失蹄三次，李世民都适时跳离马背，免于遭殃。此事疑点重重，更像是李世民设的陷阱，理由有三：第一，李世民与李建成明争暗斗多时，如何会让李建成为自己挑马？第二，李建成明知李世民久历沙场，骑术高超，不可能不识蹶弓劣马，却在父亲和众目睽睽之下使出这等拙劣手段，他的智商会如此之低吗？第三，李世民即便碍于情面骑上劣马，一蹶即当换骑，如何三蹶？只能理解为，李世民故意放大事态，让父皇和大臣看到李建成是有意加害于他。
玄武门之变前两三天的一件事，也是决定性的事件，疑点更大。当天，李建成、李元吉招李世民入宫宴饮，给他喝了毒酒，结果李世民“心中暴痛，吐血数斗”，却大难不死。更不可思议的是，“吐血数升”的李世民，竟然在几天后就生龙活虎地出现在玄武门前，力挽强弓射杀了长兄李建成。用现在话说，这真是把读者当了。
由上可以判定，我们从史书中看到的李世民是被施以重彩的，费心费力为他上妆的，应该就是他手下主管编修《国史》《实录》的房玄龄等人。
当然，李建成也主动出击过。面对日益增加的秦王势力，太子李建成无疑比任何人都要焦虑。他的对策就是分化、瓦解秦王府的文武将佐，企图孤立李世民，再一举消灭他。然而，李世民的策略要高出一筹，他将计就计，让手下假装离开长安再偷偷潜回天策府。之后他又以其人之道还治其人之身，收买了许多东宫势力下的要人，其中两人在玄武门之变中起着重要的作用。一是王晊，他在玄武门之变前一两天向李世民密奏说“李建成、李元吉正在密谋害秦王”，结果李世民决定先发制人，召集部下策划叛变；另一个更为重要的人物是玄武门总领常何。正是由于常何的合作，李世民才能够伏兵玄武门，袭杀李建成、李元吉。而这个常何早在洛阳之战时便追随李世民，后虽曾跟随李建成征讨河北，但入长安却是奉李世民之令。由此，不由得让人怀疑，常何是李世民处心积虑埋在建成身边的一颗棋子。
关于玄武门之变的资料，仅见于房玄龄等人删改的《国史》、编修的《实录》，后来的新旧《唐书》等正史均取材于此。在稗史中竟然找不到其他有价值的资料，不能不叹服李世民与其史官心思之缜密。只可惜，事实再怎么掩盖，总会露出些端倪，一点一滴留之后世，真相也就这样一点点重新见光。
李世民篡改历史对后世的治史产生了极为恶劣的影响。自此，历代正史收归官修，像太史公一样的个人修史，在原则上不被允许，称为“稗史”，相关文简不受国家的保护。而官修史书的较大弊病是显而易见的，因为一切以当局的利益为重，统一思想，删益由人。
我国的史书自从收为官修之后，除司马光的《资治通鉴》外，再未有散发生命力的作品。而之前，秦始皇焚书坑儒也未曾掩盖历史，司马迁则是千古史笔千古文章，班固、范晔虽然稍逊也是直道而为，陈寿虽有私于魏也还未曾昧心删改。自唐太宗开始，史家之风开始败坏。
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