当行省丞相一度废罢，平章政事二员并为行省长官时，朝廷又特地给行省平章政事颁赐金虎符，确认其"提调军马"的资格和权力。说明行省长官提调军马的权力来自朝廷，其给与、转移取决于朝廷，并以朝廷颁赐的金虎符作为凭借和象征。同时，元廷对此类调军权也有较严格的规定。早在成宗元贞二年（1296年）五月，即行省兼领军事定制后一年余，元廷下令："诸行省非奉旨毋擅调军"。
调动行省所属军队的批准权，集中于皇帝一人。行省只能遵照朝廷的号令行事。就是说，大多数情况下行省调动军队是奉朝廷的敕、命行事的。此项规定过分刻板，各行省距京师数千里之遥，奏报后待命而行，多半会贻误军机。或许是考虑到此种偏向，文宗至顺元年（1330年）十二月，朝廷又改而允许行省在紧急情况下便宜发兵。行省官经常亲自统率军队征战。但率军征战的，不仅必须是佩有朝廷所赐金虎符的平章等官，而且每次是否由"行省宰臣亲率诸道兵往讨之"，也须依朝廷命令而定。
行省官对所属军队将领的惩办治罪，也是其提调军马权力的一个方面。迄仁宗朝，元廷对行省处理军将的限制颇严，"军官犯罪，行省咨枢密院议拟，毋擅决遣"。元朝后期，上述规则逐渐放宽，行省始被允许便宜处理副下千户（受敕官〕等下级军官的一般犯罪和战时贻误军情者。
朝廷还根据政治、军事形势的需要，负责变更各行省辖区镇戍军队的分合聚散等。对辖区镇成军队的分布，行省也可以提出增减调整等意见，禀报枢密院，转奏朝廷。但批准与否，权在朝廷。各行省所属镇成军队的换防调动，对行省所掌军事权力，对行省长官与镇戍军队的统属关系等，部会产生微妙影响。朝廷实施此类换防和调动时，行省官往往不很情愿。
如平宋后阿里海牙官至湖广行省左丞相，恃宠倨傲，旧属部将盘根错节。世祖以诏旨命所属二万户与江淮行省四万户换防。阿里海牙迟迟不肯遵旨发兵，之后畏于抗旨"不敬"的罪名被迫执行。由是观之，定期不定期地调换各地戍兵，似乎又是朝廷防止行省掌兵官员与所属戍军间统属关系的固定化、私人化的一项有效举措。有元一代，"整点"阅实各地军队数目，也是皇帝和枢密院始终掌握的重要事权。"整点"'一般在皇帝即位及征伐之前举行。无论何种"整点"，"非得旨，皆不敢行"。
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