其目标在养兵而不耗国家财力，但明宣宗以后渐无法维持，军人生活水平及社会地位日渐低下，逃兵也逐渐增加，军备因此逐渐废驰。
在嘉靖年间，应付倭寇之乱时，将领戚继光在浙江地区采用招募民兵加以训练的方式，来取代不堪的卫所兵。正因为明朝正规军卫所军的不堪用，故这些民兵，成为在明朝后期逐渐担负起维持明朝有效统治的作战部队，而其中最为有名的就是戚继光的召募以浙江人为主的戚家军、李成梁李如松父子麾下的辽东铁骑及袁崇焕所召募以辽东人为主的关宁铁骑。
明朝改革元朝军事制度,创立了独具特色的卫所制：皇帝独揽军事大权,全国要地设立卫所,军丁世代相继，给养仰赖屯田。此制在维护明朝君主专制主义中央集权的统治中发挥了巨大的作用。军队的统辖与卫所制朱元璋统一全国后,采纳刘基建议，立军卫法，在全国建立卫所，控扼要害，中央设大都督府。
洪武十三年(1380)改为五军（即中、左、右、前、后军）都督府，为较高军事机关，掌管全国卫所军籍。征讨、镇戍、训练等则听命于兵部，遇有战事，兵部奉皇帝旨意调军，任命领兵官，发给印信，率领从卫所调发的军队出征。战争结束，领兵官缴印于朝，官军各回卫所。这种统军权与调军权分离和将不专军、军不私将的制度，旨在保证皇帝对全国军队的控制。
在地方，设都指挥使司（简称都司），置指挥使，为地方统兵长官.都司之下，在冲要地区的府(含直辖州)、县（州）置卫或设所。一般卫由卫指挥使率领，辖5个千户所，共5600人；千户所由千户率领，辖10个百户所，共1120人，百户所由百户带领，辖2个总旗，共112人；总旗辖5个小旗,共50人；小旗10人。洪武二十六年(1393)，定全国都司、卫所，共设都司17个、行都司3个、留守司1个、内外卫329个、守御千户所65个。兵额最多时达270余万人。
营哨制 明代募兵制始于正统年间，和卫所军不同，募兵不世袭，虽然为兵，但隶属于民籍。
服役期满即退伍。最开始，募兵没有像卫所军那样拥有正式编制，而且往往随着需求扩编或裁员。募兵基本是战斗部队，不像卫所兵那样需要抽调部分兵员从事屯田任务。
募兵的粮食补给，军饷基本来自国家财政直接支出，不用来自屯田所获，而且饷银也比卫所军和民壮要高。
到了嘉靖年间，募兵的骑兵与步兵以及车兵开始拥有正式的编制——营哨制。一般是五人为一伍，二伍为什，三什为队，三队为哨，五哨为总，五总为营。
每营兵员3000人。这是南方明军的营哨编制，北方稍有变动，但大体相当，如戚继光的蓟镇陆军编制，十二人为一队，三队为旗，三旗为局，四局为司，二司为部，三部为营，人数也在3000人左右。这就是明朝中后期的主要军队编制形式。
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