1341年，高僧天如禅师来到苏州讲经，深受徒弟们的敬仰。第二年（从元代之后的皇帝顺帝到正二年），徒弟们买地置家为天如禅师建造禅林。
从元代开始正二年（1342年），天如禅师惟则的徒弟为奉其师所建，初名“狮子林寺”，后易名“普提正宗寺”、“圣恩寺”。历史上，元末的名僧天如禅师惟则的徒弟“相率出资，买地成家，为师”。
园内有“林中有竹万，竹下有很多怪石，形状像狮子”，又因为天如禅师在浙江天目山狮子岩普应国师中峰得了法律，为了纪念佛徒的衣钵、师承关系，取了佛经中狮子座的意思，所以被称为“师子林”、“狮子林”。另外，佛书中有“狮子吼”一词，因为很多假山酷似狮子形而得名。天如禅师去世后，徒弟散了，寺院逐渐荒废了。
明洪武六年（1373年），73岁的大书画家倪（号云林）经过苏州参加造园，写诗画画（《狮子林图》）。清乾隆之初，寺园是私有的，与寺殿隔绝，成为名涉园，园内有5棵松树，因此也被称为五松园。1917年为画具商贝润生购买，9年建成扩建，仍被称为狮子林（园东贝氏家祠、族学和住宅）。

明万历十七年（1589年），明姓和尚托钵长安，重建了狮子林圣恩寺、佛殿，再现了繁荣的景象。到康熙年间，寺、园分开，为黄熙的父亲衡州知府黄兴祖买了，被命名为“涉园”。
1703年2月11日，清康熙巡游此地，赐予“狮子林寺”，后清乾隆皇帝六游狮子林，先后赐予“镜智圆照”、“画禅寺”以及现存的“真趣”等匾额。清乾隆三十六年（公元1771年），整修了黄熙高中状元、精修府第、庭园，命名为“五松园”。直到清光绪叶黄氏的家道衰败，园已经倾斜，只有假山依然保留着。
1917年，上海颜料巨头贝润生（世界著名建筑家贝聿铭的叔父）从民政总长李钟璋那里购买了狮子林，花了80万银元，花了近7年时间进行整修，增加了一部分旅游景点，冠以“狮子林”的旧名，狮子林一时冠上了苏城。贝润生虽然做好了开放的准备，但是因为抗战爆发而无法如愿以偿。1945年贝润病故后，狮子林由孙贝焕章管理。解放后，贝氏的后人将园捐献给国家，苏州园林管理处在整修后，于1954年向公众开放。
1955年，狮子林祠的大部分建筑被文化部门使用。1963年3月20日，狮子林作为苏州市的文化财产保护单位被公开。1966年5月，“W革”开始了。在10年的“W革”中，狮子林曾经改名为“朝阳公园”。1967年曾一度停止开放。1973年4月，又回到了原来的名字。
1975年，苏州市园林管理处花了3万元，购置了苏州市长风工厂招待所内原郑氏家族的所有楠木姐妹厅，将其中朝南的厅移到原莲花厅的位置，改名为花篮厅。
1982年3月，狮子林作为江苏省文物保护单位对外公布。1988年5月，原海湾氏族学校内的苏州工艺美校的迁移结束了。6月狮子林接手，总面积1360平方米。1997年12月，苏州市园林管理局召开记者招待会，宣布狮子林被列入世界文化遗产申请增补名单。1999年10月，狮子林的新“百年藤架”向游客开放。
2000年8月，在出现“见山楼”的危险的同时，该建筑的水泥外墙与元代庭园和周围的建筑不协调，为了维持园内风格的统一，计划在修理过程中对见山楼进行部分变动。2000年9月，江苏省文化厅在苏文【2000】54号文中同意维修。12月末，山楼经过改建完成。2000年11月，在澳大利亚凯恩斯举行的联合国教育科学文化机关第24届世界遗产委员会会议上，狮子林等5个庭园正式登记为“世界文化遗产名录”。
2001年4月，狮子林沿着墙壁南面的墙壁，从北京圆明园遗迹中开拓了乾隆的手书《狮子林》的题字。2002年4月，倪云林（倪2003年11月，世界建筑巨匠贝聿铭来到狮子林两次，为狮子林写下了“石品洞天狮子林”7个字。
2004年4月，狮子林荣获国家AAAA级旅游胜地的招牌。2004年6月，狮子林历史陈列馆正式开馆。

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