金朝末年，中央军事机构有枢密院、元帅府，以及尚书省的兵部。枢密院为海陵时，废都元帅府，所设长官为枢密使和枢密副使，由尚书省节制。金世宗和金章宗时期，虽因战事再设元帅府，但元帅府只是临时的军事统帅机构，“都元帅府掌征讨之事，兵罢则省”，而不负责军政。金朝末年，由于战事不断，元帅府和枢密院并存，成为常设机构。

从职能上来看，枢密院统领军政，地位高于元帅府。《金史·白华传》载：“金质，枢密院虽主兵，而节制在尚书省。兵兴以来，兹制渐改，凡在军事，省官不得预，院官独任专见，往往败事”。由此可见，金朝末年，枢密院已经不受尚书省节制，成为全国较高的军事决策机构。
产生这一情况的原因，一方面是由于战事的需要，军事机构的地位提高；另外一方面原因应与太子（哀宗）出任枢密使有关。宣宗贞祐四年（1216），“皇太子既总枢务，诏有司议典礼，以金铸‘抚军之宝’授太子，启禀之际用之”。太子（哀宗）控枢密院，掌天下兵，这必然导致枢密院地位提高，尚书省的军事职能被削弱。
直到天兴元年（1232）金哀宗才下诏“以尚书省兼枢密院事”。显然，金朝末年，枢密院是较高的军事机构。
忠孝军是在哀宗掌枢密院时组建，兵源的增补由枢密院负责选拔，军需也由枢密院负责调发供给，哀宗即位后仍是如此。如正大六年（1229），“诏枢密更给忠孝军马匹，以渐调发都尉司步卒及忠孝马军屯京西。以白华专备军需”。哀宗命令枢密院为忠孝军调拨马匹，白华此时为枢密院判官负责军需的供应。忠孝军的驻扎地亦由枢密院调动。
综上所述，忠孝军建立后直接听命于以太子为长官的枢密院。哀宗即位后，仍然通过枢密院过问忠孝军的事务，可见其对忠孝军重视的程度。因此，忠孝军属于中央军。

金朝末年，战事不断，为了节制兵马，指挥军事，金朝在地方上设置行尚书省（行省）、行枢密院（行院）、行元帅府（行府）。其所辖区域大到涉及几路，小到一州不等。这些机构分别是中央尚书省、枢密院、元帅府的派出机构，其较高长官由这些机构的要员担任。行省、行院、行府直接向皇帝负责，因此他们也可以调动忠孝军。
《金史·兵志》载：“复取河朔诸路归正人，不问鞍马有无、译语能否，悉送密院，增月给三倍它军，授以官马，得千余人，岁时犒燕，名曰忠孝军。以石抹燕山奴、蒲察定住统之。加以正大以后诸路所虏、临阵所获，皆放归乡土，同忠孝军给其犒赏，使河朔俘系知之。故此军迄于天兴至七千，千户以上将帅尚不预焉”。文中提到忠孝军有千户一职。
忠孝军军官职务有千户、万户、都统、提控、总领、元帅。其中，忠孝军元帅一职，仅在天兴二年（1233）五月之后出现，这时距金朝灭亡已为时不远。元帅一职只能作为忠孝军高级将帅之号，而不能看作一级常规编制。
此外，按《金史·陈规传》：“今之军法，每二十五人为一谋克，四谋克为一千户，谋克之下有蒲辇一人、旗鼓司火头五人，其任战者才十有八人而已。又为头目选其壮健以给使令，则是一千户所统不及百人，不足成其队伍矣”。
“天兴初元，有十五都尉”。《资善大夫吏部尚书张公神道碑铭》：“贞祐以后，武臣以战往往至将帅。置员既多，而不相统摄，公建言，乞以都尉易将帅之号。上从其计，位置建威、折冲、宁远、安平等十都尉，各以胜兵万人配之”。正大二年（1225）以“都尉易将帅之号”，这是金朝军制的一次重大变化，但没有涉及基层猛安谋克编制，主要是调整高级军官的设置，以改变军队编制中层次繁多重叠，“置员既多”、“十羊九牧”的状况。目的是提到军队战斗力。

总领成为较高一级编制，提控作为军官仍存在，但是否为一级编制尚不能确定。《金史·古里甲石伦传》：贞祐二年（1214）“未几，迁同知太原府事。奏请招集义军，设置长校，各立等差。都统授正七品职，副统正八品，万户正九品，千户正班任使，谋克杂班。仍三十人为一谋克，五谋克为一千户，四千户为一万户，四万户为一副统，两副统为一都统，外设一总领提控。制可”。
从义军编制的级别来看，包括谋克、千户、万户、都统、总领提控，各编制的士兵数量来看，谋克30人、千户150人、万户600人、副统2400人、都统4800人、如两都统为一总领提控，则一总领提控为万人左右。将义军的编制级别与各编制所统士兵数量与上述金朝后期正规军编制和数量比较，二者大致相当。
可以得出，至少在正大二年（1225）后即金哀宗统治时期，提控，只能作为总领的副职军官而不能作为一级编制而存在。因此，金哀宗以后，金正规军编制应为谋克、猛安、万户、都统、总领，忠孝军军队编制应与之一致。

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