1980年10月至11月和1981年3月至4月，为了探索仰韶人的生活和生活状况，河南省文物研究所随后派出赵慧君和丁庆贤率领考古队，分为两组，有四名考古学家参加。与渑池文化博物馆合作，对仰韶村遗址进行了第三次发掘。
开挖在场地文化层密集堆积的平台上进行，主体工程位于道路东侧建筑区。共开挖探槽4条，探槽4条，总开挖面积200多平方米。发现了四个地基，41个坑和洞穴，613件陶器、石器、骨头和贻贝。
第三次发掘实质上澄清了仰韶村文化遗址属于仰韶和龙山两种考古文化，并发现了四个不同发展阶段重叠的地层关系。根据文化积淀层的特征和发现的器物，挖掘人员将仰韶村遗址划分为八层四期：第一期文化陶瓷以红色陶瓷为主，灰色陶瓷较少，陶瓷模型以线模型、绳模型和划线模型为主。类型有小口平底锅、罐形锅、大口锅、深腹锅、折腹碗、开平底碗、收敛锅、锅盖等，属于仰韶文化庙底沟类型；第二阶段文物较少，碎片较多，红色陶瓷数量减少，灰色陶瓷数量增加，彩绘颜色少黑多红，图案相对简单。主要工具有包脚、彩色陶瓷罐、尖嘴小瓶碗等。豫西、晋南、关中、东部的仰韶文化晚期遗存有新的陶鼎、陶豆，属于西王村类型；在第三个文化时期，灰色陶瓷较多，红色陶瓷较少。工具的类型与第二个时期大致相同。模型主要有水平的篮子模型和桩模型，还有方形模型，属于龙山庙底沟文化第二期；在第四个文化时期，陶瓷以沙灰色陶瓷为主，其次是灰色陶瓷和黑色陶瓷。形状规则，陶瓷橡胶薄，火高，有许多轮式工具，装饰以绳纹为主。陶瓷中出现了新的陶瓷形态，如龙山文化三里桥类型的“长而深的肚皮”空心盆。

仰韶村遗址经过三次发掘，数据表明，遗址包含仰韶和龙山两种文化，它们之间的关系是承上启下的。到目前为止，仰韶村遗址的内涵已经得到了认真的总结。
仰韶村遗址研究中还存在一些问题：虽然仰韶村遗址是仰韶文化的第一个发现地，但由于仰韶村遗址是多个层次的重叠，曾一度造成仰韶文化概念的混乱；经过三次挖掘，其内涵基本明确，但碳14的鉴定仍有待进行；仰韶村遗址是一块文化圣地，但它本身并不是仰韶文化的典型范例，需要进一步研究。[28]
2014年7月，许昌市文物局组织省、市文物勘探队，与华裕尊房地产广场项目合作，在考古勘探中发现了一处面积48227平方米、文化层厚度约3米的仰韶文化遗址。
新发现的遗址位于许昌市东城区，靠近天宝路和纬五路交叉口。经初步勘查，具置位于华裕尊房地产广场项目西半部（预计西门）、十里庙社区南部和社区南部，靠近古河弯道。距地表约1～3M深，由北向南逐渐加深，隐藏在土壤冲积层下。
通过对加沙陶瓷、红绳陶瓷等器物勘探样品的分析，以及对土壤层的包裹体分析，该遗址应为7000～5000年前的仰韶文化遗址，仰韶文化后的堆积层明显。

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