四合院的历史悠久，3000多年前的中西周期出现了完整的四合院。从陕西岐山凤雏村周原遗迹出土的二进院落成遗址，是我国最早、严格的四合院的实例。
汉代的四合院建筑有着更新的发展，受风水学说的影响，四合院从布局到配置，有阴阳五行之说。唐代四合院接受两汉朝，宋元朝下打开，其构造是前窄后方。
但是，古代盛行的四合院是廊下院式的庭院，也就是以庭园中的轴线为主体建筑，周围是走廊的连接，或者左右有房子，而不是在四面建房子。晚唐出现了有走廊的四合院，逐渐取代了走廊院，宋代以后，走廊院逐渐减少，直至明清逐渐灭绝。
我国建国后，北京的许多四合院都跌落到大杂院，但改革开放后，随着城市改造的展开，许多传统的四合院遭到破坏。例如，1998年的广东新馆被拆除，2000年赵紫宸旧居被拆除，2004年孟端胡同45号的清代果郡王府被拆除，2005年曹雪芹旧居被拆除，2006年唐绍仪旧居被拆除。同时，一些四合院被登记在北京市和各区县级保护院。
古代，四合院基本上满足了家庭生活的需要，那时二进四合院和更大的四合院通常是官绅的住处。

在现代，上下水道、暖气等卫生设施没有进入四合院，跌入大杂院的四合院为了适应汽车、空调等设备的需求而没有得到改善，另一方面，四世同堂这样的大家族也很少见，有钱人的家不是生活在人口密度高的市区我想在交通便利的郊外。因此，民居四合院是否有价值也是近代以来争论的问题。
随着旧市区的保护开展，改造了以往的四合院。例如，1990年清华大学吴良臻3923:1；教授主持的北京菊儿胡同四合院危险改造项目，在保留院落结构的基础上，将原来的四合院平房改为大楼，增加了厨房、厕所等设施。这个改造工程获得了联合国的世界人居奖。
在北京南池的危险改造中，一部分四合院的房屋改为2楼，建造了地下。2006年，北京市发表了《北京四合院建筑要素图》，作为四合院保护、修缮、改修、改建的参考依据。

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