这一制度在最初是为了对抗元代残余势力、拱卫王室，所以各藩府类似一种军事组织，有极大的兵权，仅王府护卫就有三千至一万不等。特别是作为明代九边的辽、宁、燕、谷、代、晋、秦、庆、肃九国，为了抵御外族的侵略和反击，更是定期操练，有提兵专制的权利。如庆王就有左、右、中三护卫，管理庆阳、宁夏、延安、绥德诸卫事务，马步军士均让庆王训练，并随时受其调遣。同时，藩王作为宗室对属地的异姓臣起到了监视、限制的作用。
明代藩封制度在初期确实起到了抵御侵略、拱卫王室的目的，连朱元璋也不禁感叹“朕无北顾忧矣”。不过朱元璋也认识到这种制度的危险性，故规定诸王“分封而不锡土，列爵而不临民，食禄而不治事”。但未从根本上对藩王军事权利进行限制，最终造成了“靖难之役”。朱棣登基后，虽未继续“削藩”，但在政策上对藩王的限制越来越多，直至形成“藩禁”之制，甚至对省墓、入朝等作了事无巨细的规定。藩府成员不农、不工、不士、不商，只作为宗室享受一定的政治待遇。
藩府的爵禄有细致规定，等级有亲王、郡王、镇国将军、辅国将军、奉国将军、镇国中尉、辅国中尉、奉国中尉。未有亲王、郡王品级者多隔世而降，直至六世都为奉国中尉。另外，亲王、郡王之嫡长子、长孙可册封亲王世子、世孙，郡王世子、世孙。经济上，宗藩享有特权，除享受禄米外，凡“册封及宫室、婚姻、丧葬诸费皆给于宫”，此外还有厨役、校尉等役，皆编于民。
虽然藩王的军事权利受到了限制，但王府内部的公署、官署配备仍齐全。如庆府设长史司、典簿厅、纪善所、典膳所、典宝所、良医所、奉祀所、典仪所、审理所、工正所、仪卫司等公署。设左右长史、典簿、伴读各一员，教授八员，⑥典宝、纪善、典膳、典仪、奉祀、引礼、典乐各一员，良医、工正、审理正副各一员，仓库大使各一员。仪卫正副各一员。但这些职位的设置都是处理王府内部事务的，并不对地方政治起到作用。此外，藩王对王府署官的行为有自治权，可以依律自行剖断，地方官府并不能干涉。
明代藩封制度在前期对稳定明王朝的统治作出了重要的贡献，是对地方军政制度的有效补充，但其过大的军事、政治权利也对中央**造成了威胁。后期，随着藩王作为军事组织的意义的丧失，政治权利也限制在管理王府内部事务及其所属世系的范围之内，藩府成为只享禄米的寄生集团，并成为明中晚期重要的社会问题。
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