在明朝有两个机构让人闻风丧胆，基本上没有勇敢挑战他们的权威，一个是锦衣卫，而另一个就是六扇门。二者还是有区别的。
1、机构不同。
六扇门明清时期代指刑部、大理寺和都察院。
锦衣卫是明朝专有军政搜集情报机构，前身为明太祖朱元璋设立的“拱卫司”，后改称“亲军都尉府”，统辖仪鸾司，掌管皇帝仪仗和侍卫。
2、成立时间不同。
明朝万历年间，朝廷为了处理有关国家大事的案件，专门成立了一个集武林高手、密探、捕快和杀手于一体的秘密组织。因为这个组织的秘密性，又因为总部大殿是一个坐北朝南、东南西三面开门、每面两扇门总共六扇，所以叫做“六扇门”。
洪武十五年（1382 年），朱元璋设置锦衣卫。初始职能为三项：其一，守卫值宿；其二，侦察与逮捕；其三，典诏狱。此三项职能在一段的时期内并未设立供其稳定实施的制度。
3、工作内容不同。
“六扇门”通常只接手江湖帮派斗争和久为官府通缉的要犯。

作为皇帝侍卫的军事机构，锦衣卫主要职能为“掌直驾侍卫、巡查缉捕”，从事侦察、逮捕、审问等活动。也有参与收集军情、策反敌将的工作，如在万历战争中收集了大量的日军军情。
4、责任不同
六扇门主要负责的是刑事案件，如果江湖出现了任何问题，他们要负主要责任，要将犯罪人员缉拿归案，在犯罪人员抵抗时，他们可以采取必要的措施，但一般原则上不伤及性命。对于朝廷官员，他们则没有那么大权利了。
锦衣卫，原则上只要不对抗皇帝，在整个国家当中，没有谁是不属于他们的权利范围之内的，监视王公大臣，缉拿皇亲国戚，只要胆敢反抗，格杀勿论，一旦被抓，所要面对的便是屈打成招。
拓展
六扇门这个名词其实严格意义上来说，它并不是一个机构，只是朝廷办事衙门的统称，但官方和民间均已六扇门来作为这个机构的代称。因为古代衙门一般都是三开门，每个门安着两扇门，所以民间百姓便以“六扇门”来作为官府的代称。六扇门起源比较早，早在唐太宗时期，六部刚刚成立，为了能够清除隋末的残余势力，以及国家行政机构的稳定，唐太宗指示刑部成立了六扇门这个秘密的组织，在后来，国家趋于稳定之后，这个组织便被取消了。
明朝万历年，震惊朝野的三大案子发生了，为了彻查此案，万历皇帝命人成立一个秘密的侦查机构，属刑部。因为此事关系重大，所以万历皇帝给他们开了许多后门，也就是给了他们许多特权。因这个组织的总部三面开门，每面两扇门，一共六扇，所以这个机构的名字，因此也被称为“六扇门”。在彻底查完了，三大案子之后。六扇门便专门接江湖上发生的大案、要案，或者缉拿长期被官府通缉的在逃犯人。

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