锦衣卫指挥使一般由皇帝的亲信武将担任，直接向皇帝负责。可以逮捕任何人，包括皇亲国戚，并进行不公开的审讯。
“明初，置拱卫司，秩正七品，管领校尉，属都督府。后改拱卫指挥使司，秩正三品。寻又改为都尉司。洪武三年，改为亲军都尉府，管左、右、中、前、后五卫军士，而设仪鸾司隶焉。四年，定仪鸾司为正五品，设大使一人，副使二人。十五年，罢仪鸾司，改置锦衣卫，秩从三品……”（出自《明史》）
锦衣卫是明朝时期的专有特务机构，前身为朱元璋所设立的“拱卫司”以及洪武元年（1368年）时改制之“仪鸾司”与二年（1369年）时改制“大内亲军都督府”。
锦衣卫首领称为“锦衣卫指挥使”，一般由皇帝亲信武官担任，公众眼中其主要职能为“掌直驾侍卫、缉捕、刑狱之事”，直接向皇帝负责。其实锦衣卫的职权范围很广，包括管理卤簿仪仗，修理京师街道、疏通城中沟渠、抓捕私自净身的干犯等工作，明代中后期，绝大多数获得锦衣卫指挥使官衔的武官系带俸指挥使，实际成为官僚、勋贵、外戚等荫子或者奖赏给予世职的寄禄官（不到任，不理事，仅借此名义领取俸禄），所以锦衣卫的首领多数时间并不是“锦衣卫指挥使”，或者说并不能按照“锦衣卫指挥使”这个官衔来判断是否其人是否为锦衣卫主官。
事实上，由于锦衣卫的特殊地位，常见的是以更高的军职加“掌本卫堂上印”、“掌本司印”、“掌印管事”、“堂上佥书管事”等名义成为锦衣卫主官。例如明代权势较大的锦衣卫主官陆炳，初掌锦衣卫时官衔为“都指挥同知掌锦衣卫事”。其后他的官衔逐步升高，后军都督府都督佥事、都督同知、左都督，但本职依然是“掌锦衣卫事”，管理锦衣卫。当然也有以较低的官衔掌管锦衣卫的例子，如万历四十年十二月甲辰，骆思恭以堂上佥书管事管锦衣卫堂上事时，此时其官衔为指挥同知。
锦衣卫下辖北镇抚司（掌诏狱）、南镇抚司（本卫司法及军匠管理）、经历司（文书出纳）和”分别管理銮舆、擎盖、扇手、旌节、幡幢、班剑、斧钺、戈戟、弓矢、驯马等仪仗，领导侍卫将军、力士、军匠和为朝会驯象。锦衣卫指挥使直接下属为副手锦衣卫指挥同知、指挥佥事，以及下一级的镇抚使、千户等。
下属有将军、力士、校尉，对外有参某某事、校令，另有精通多国语言的翻译（如宪宗朝张渺正），内有法庭和监狱，其中，经历司掌文移出入，镇抚司掌本卫刑名，兼理军匠，即“诏狱”。
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