明朝初年，中央和地方的政治建制承袭元朝。1380年（洪武十三年），复以“谋不轨”罪名杀左丞相胡惟庸，罢中书省，分相权于六部。六部尚书执行皇帝的命令，直接对皇帝负责。其后，进一步宣布不许再议置丞相。秦汉以来行之一千余年的宰相制度，从此废除。

朱元璋废丞相后，挑选几名文人担任华盖殿、武英殿、文渊阁、东阁等殿阁大学士，协助他批阅奏章，充当顾问。明成祖（朱棣）时，阁臣可参予机务，但不置僚属，不得专制百官。仁宗（朱高炽）开始，用六部尚书、侍郎兼殿阁大学士阁臣权力渐重。

洪武初年的监察机关称御史台。1382年（洪武十五年）改称都察院，长官有左右都御史等，专职弹劾百司。都察院下设十三道监察御史，纠察内外官员。监察御史正七品，官阶虽低，威权却重，外出巡查，号“代天子巡狩”。

此外还按六部的建制，设立六科给事中，负责稽查各部，驳正章疏违误。朱元璋还设立特务机构锦衣卫，置锦衣卫指挥使，除负责侍卫、密缉盗贼奸宄外，北镇抚司还掌管诏狱。通过这些监察机关、言官和特务，皇帝进一步加强了对官吏和百姓的控制。朱元璋十分重视吏治的整顿，严禁各级官吏，蠹政害民。高级官员要接受御史的监督，中下级官吏定期考核，称职者升，平常的复任，不称职者降，品德卑劣的罢职为民。对贪官的惩治尤其严厉，凡贪赃钞六十两以上者，并枭首示众。

为了防止有权有势的臣对皇权造成威胁，朱元璋加以打击。从立国伊始，朱元璋就警告文武勋臣要吸取西汉韩信、彭越的教训。1372年，他颁布《铁榜文》九条，严禁公侯与都司卫所军官私相结纳，不许擅役军士、倚势欺压良善、侵夺公私田地。后来又多次颁布诏令，规定了臣权限。1380年（洪武十三年），借口左丞相胡惟庸“谋不轨”，大兴党狱。1390年，他颁布《昭示奸党录》，以伙同胡惟庸共谋不轨罪，杀韩国公李善长、列侯陆仲亨等，株连三万余人。1393年（洪武二十六年），又以谋反罪杀凉国公蓝玉、列侯张翼等，牵连万余人。

都察院，明清时期官署名，由前代的御史台发展而来，主掌监察、弹劾及建议。与刑部、大理寺并称三法司，遇有重大案件，由三法司会审，亦称“三司会审”。明洪武十五年（1382年）改前代所设御史台为都察院，长官为左、右都御史，下设副都御史、佥都御史。又依十三道，分设监察御史，巡按州县，专事官吏的考察、举劾。明朝都察院不仅可以对审判机关进行监督，还拥有“大事奏裁、小事立断”的权利，为较高监察机关。

清朝改左右副都御史专为总督、巡抚的国衔（明朝，都御史、副都御史都兼用作加衔），以方便其行事。至雍正元年（1723年），又以六科给事中并入。乾隆十三年（1748年），废左佥都御史。清代都察院是法纪监督机关，既审核案件，另外参加秋审与热审，还监督百官。作为明清监察制度的主要实施者，都察院在维护封建统治正常秩序和保障封建国家机器平稳运转方面起到了重要的作用。

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