七月，麻贵等捣毁套部大营，追奔至贺兰山，将其尽逐出塞。各路援军在代学曾为总督的叶梦熊的统帅下，将宁夏城团团包围，并决水灌城。又施反间计，使哱拜集团内部发生火并，李如松攻破大城后又围哱拜家，哱拜自缢，哱承恩等被擒。至此，哱拜之乱全部平息。
历史背景
哱拜原为蒙古族人，嘉靖中降明，积升都指挥。万历初为游击将军，统标兵家丁千余，专制宁夏，多蓄之命。万历十七年，以副总兵致仕，子哱承恩袭职。
十九年，火落赤等部犯洮河告急，哱拜自请率所部三千人往援，至金城，见各镇兵皆出其下，归途取路塞外，各少数民族的兵将也都远远地避开他，因此更加骄横，有轻视中外之心。巡抚党馨(xīn心)几次对他施加压力，并以冒领军饷罪弹劾他，哱拜便于二十年二月十八日率部发动叛乱。
战争经过
一、哱拜掠城
哱拜老，子哱承恩袭父爵。万历十九年(1591)，洮河有警报，御史周弘禴推举哱承恩及指挥土文秀、哱拜义子継云等。巡抚党馨下令文秀西援，哱拜谒见经略郑洛，表示愿意与儿子承恩一同出师。党馨讨厌他的自荐，故意压制他，哱拜因此心生怨气。
到金城，看见各镇士兵都出于他的手下。等到击退叛贼，取道塞外回来，敌人骑兵遇到他都避开，于是有轻视中原内外之心。党馨数次裁制哱拜，并且按治承恩罪行鞭打了他二十下，継云、土文秀也因为其他原因怨恨党馨。恰好戍卒请求衣服、粮食，很久都没有得到。哱拜就唆使军队先锋刘东旸、许朝犯上作乱。
万历二十年(1592)二月杀死党馨及副使石继芳，逼迫总兵官张维忠自裁。継云、土文秀杀死游击梁琦，守备马承光，刘东旸自称总兵，推举哱拜为主谋，承恩、许朝为左、右副总兵，継云、土文秀为左、右参将。承恩于是攻陷玉泉营、中卫、广武，黄河以西地带望风而降。只有土文秀进攻平虏，参将萧如党坚守不投降。叛贼已经夺取了黄河以西四十七座城堡，而且渡过了黄河，又诱使河套著力兔、宰僧进犯平虏、花马池，陕西全境震动。
二、学曾出征
三月四日，魏学曾下令副总兵李昫率游击吴显赶赴灵州，另遣游击赵武赴鸣沙州，沿黄河一带阻止叛贼南渡，自己进驻花马池，正当叛贼的冲要。李昫等渡过黄河，叛将大多逃跑，四十七座城堡全都收复，只有宁夏镇城还被叛贼盘踞。著力兔等部落与明兵叛军遥相呼应，哱拜、土文秀进攻赵武于玉泉。継云引导著力兔攻平虏，如薰设下埋伏射死継云。李昫回救赵武，围困才解除。
四月，李昫领兵与前任总兵牛秉忠抵达宁夏镇城下。皇上已提拔董一奎为总兵，李贲为副职。不久，又提拔如薰代替董一奎，以麻贵代替李贲。他们还没有到，李昫等已经攻城。叛贼从东西二个门各出骁勇善战的骑兵三千迎战，步兵排列火车为阵营。官军冲上来，夺得战车百辆乘胜追击，将叛军逼入湖内，叛军淹死的不可胜计。
副总兵王通作战尤其卖力，他的家丁高益等乘胜进入北门，后因援兵没到而被杀死，王通也负了伤，榆林游击俞尚德力战而死。第二天，许朝、土文秀胁迫庆王登上东城，乞求暂时罢兵，诡称愿意献出首倡叛乱者的脑袋。正好官军粮食吃完了，于是领兵退去，在附近城堡休整。
魏学曾日夜办理粮草，调动延绥、庄浪、兰、靖、榆林的部队。道路遥远，打造的船只也没有准备好，于是驻于花马池，等部队一到就移到灵州。很快，延绥游击姜显谟、都司萧如蕙，甘州前任总兵张杰及麻贵军都到了，又抵达宁夏镇城进攻。叛贼考虑到延绥、榆林兵士出来后，城内空虚，便勾结黄台吉的妻子，命令他儿子舍达夫、侄子火落赤、土昧铁雷攻掠旧安边、砖井堡以牵制官兵。哱承恩又以计谋**叛贼兵力，埋伏在延汉渠，抢掠二百辆运粮的车子。
魏学曾从花马池回灵州，被叛贼包围，救援部队到后才解围。麻贵等数次攻城未能攻下，叛贼杀死庆王的妃子，将宫人、金帛一抢而空。朱秉忠在战斗中右腿负伤，于是官军再次将部队撤回。皇上听从尚书石星的建议，赐给魏学曾尚方宝剑督战。正好宁夏巡抚朱正色、甘肃巡抚叶梦熊、监军御史梅国桢，各位大将刘承嗣、董一奎、李如松先后到来，六月再一次攻城，连战不下。
三、学曾获罪
起初，魏学曾遣人招降刘东旸、许朝，曾在固原停留十余日等待消息，皇帝责备他**。李日句渡黄河又迟了点，松山、河套的盗匪先进入，官军由是再次失利。魏学曾曾上疏要求监军不要参与兵事，皇上命令梅国桢遵守这一点，梅国桢颇不满意。等他来到军队，梅国桢弹劾诸将观望，而定魏学曾**罪。
四、梦熊挂帅
七月，魏学曾获得后，便待罪军中。朝廷命叶梦熊接替他，赐“上方剑”。
叶梦熊、魏学曾、梅国桢定下计策，决黄河大坝让黄河之水灌城，水达到城下。此时，河套盗匪卜失免、庄秃赖率三万骑兵进犯定边、小盐池，以土昧铁雷为前锋，而另外派遣宰僧领万骑从花马池西沙湃口进攻，声援継拜。麻贵在右沟阻击，其士气稍稍有些挫折，分路赴下马关及鸣沙州。
魏学曾命令游击龚子敬扼守沙湃口，征召延绥总兵官董一元捣毁土昧铁雷的巢穴，斩一百三十余级，盗寇大惊而走。在沙湃口遇上龚子敬，将他重重包围，龚子敬战死，外寇也离开了，叛贼的援军没有了。魏学曾增大坝水决口。
八月，黄河决口，大堤毁坏，又修治大堤，城外水深有八、九尺，东西城崩塌百余丈。著力兔、宰僧又进入李刚堡。李如松、麻贵等打败他们，将他们一直追赶到贺兰山。
九月三日，浙兵在参将杨文的带领下抵达宁夏镇，叶梦熊督造的艘冲锋舟已经建造完毕，苗兵、汉兵、庄浪兵开始乘舟再次攻城。八日在水的浸泡下，北面城墙开始崩裂，九日，官兵拿下南门。
叶梦熊又施反间计，募城中卖油郎李登游说哱哱承恩，令其杀刘东阳、许朝赎罪，又游说刘、许杀哱氏赎罪。哱氏集团内部互相嫌疑。刘东阳杀土文秀，哱承恩杀许朝、刘东阳，悬首城上降，李如松、杨文遂入城。十七日，哱承恩谒监军梅国桢，被参将杨文逮捕 入狱。李如松提兵包围了哱拜家，哱拜自缢，合家自裁。哱拜次子承宠、养子哱洪大、土文德、何应时、陈雷、白鸾、陈继武等被生擒。
战役结果
明军自万历二十年 三月包围宁夏城，至九月城破，前后围城达六个月之久，哱拜之乱全部平息。哱承恩、哱承宠等人，被送入京城处斩。
历史影响
宁夏之役费饷金几二百万。
后任宁夏巡抚杨应聘说：“壬辰兵燹，遂举二百年之所经营者，荡然如同草味。”
此次兵乱，历时8个月，经反复到年底才艰难平息 兵变中城堡、水利设施、民宅被破坏，百姓在战乱中无辜惨遭杀害，中卫以及整个宁夏地区人民遭受了巨大灾难。
后人评价
对于包括宁夏之役在内的万历三大征的评价，后世截然不同的观点和看法。
平叛了西南、西北的少数民族维护了国内的稳定统一，同时也维护了与周边地区的和谐发展局面，为国家在和平的环境下发展赢得了条件和时间，保障了明朝的领土完整。
很多评论家都对万历三大征持消极态度，觉得万历三大征费用的大量支出最终导致国家衰亡。大笔金钱的支出也只是赢得了短暂的胜利而已。
另一种观点则认为：实际上明代末期与后金之间的战事对军费的消耗更甚，高达六千余万两，与之前的三大征相比完全是天上和地下的区别。所以，万历三大征费用的开销并没有使国库走向崩溃。
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