郑经死后，台湾内乱，需要。康熙二十二年（1683年），刘国轩得知施琅准备进攻，便从台湾本岛派兵到澎湖，将商船和私船改为军舰（大小炮舰、鸟).艇、猎艇、洋舰、双帆等各类军舰约200艘），准备决战。
施琅出动
康熙二十二年6月14日（1683年7月8日），施琅从铜山岛起航，姚启盛也派出3000人与施琅会师（清兵24000人，大鸟船70艘，俘虏103艘） ). boats ships，65 艘帆船）。十五（九）日，郑军护卫舰发现清军已抵达花屿、茅屿一带，急忙报告刘国轩。
十六（十）日，施琅攻打娘玛宫，以快鸟舟为先锋。刘国轩让林生、姜生指挥海军；秋晖是前锋，在娘马宫港口亲自督战。当时，清军因风阻不敢前进，只有蓝理率领的七支舰队打穿了郑军。
施琅派出第二波鸟舟部队，战斗结束不久，潮水开始上涨，部分清军船只被冲上岸，郑军乘势将舰队一分为二。两翼包围清军。施琅见状冲入郑军，欲救被围船只，却被林盛军包围。施琅在战斗中失误射中右眼，但并未失明；林盛也被一炮打断了左腿。
林盛负伤导致郑军失去指挥，施琅趁机退出战场，在西屿附近的海上休整。
清军总攻
早上 7:00从22日（16日）开始，施琅决定发起总攻，将舰队分为三线攻击，留下约80艘舰船作为后备力量： 中线：共56艘，分列。分成8组，每组7艘摆渡船。施琅亲自指挥，作为进攻娘玛宫的主力。
右：共50艘舰艇，在总司令陈机等率领下，先攻东石的鸡笼屿和澎湖港东侧的泗礁岛，然后会合中央部队进攻郑军。左：董毅将军等率领舰船共50艘，由澎湖港西侧内堡进入牛心湾，使郑军误判清军在此登陆。
天还没亮，台风就刮起来了。辰时（7：00-9：00）受台风袭击，海上吹西北风，郑军顺风进攻，一时高高在上，清将朱天贵被炮弹炸死。中午时分，赤道锋袭来台风，海水开始向南吹，风向改变，有利于清军。
施琅下令全军反击，各种炮火冲天，数艘小船围攻郑军，郑军彻底崩溃，姜生战死，秋晖自裁。共死伤郑兵12000人，被俘5000余人。击毁、俘虏战舰190余艘。
刘国轩见大势已去，令残部从北后门退回台湾，澎湖诸岛郑军全部投降施琅。清军阵亡329人，负伤1800余人，舰船无损。
善后事务
施琅获胜后，考虑到台湾的水路十分险要，难以行走。施琅决定暂缓进攻，采取心理攻势，郑王朝由内而外瓦解。郑钧战败的消息传到台湾，人心开始不安。为了延续z权，一些将领提出攻打菲律宾，得到了冯锡范的同意。但传闻远征军只想劫掠逃往国外，刘国轩才阻止了这一计划。
7月13日（9月3日），施琅率军。后来在刘国轩的大力鼓动下，郑克双于7月15日（9月5日）向施琅投降，8月18日（10月8日）剃发易服，郑朝正式灭亡。
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