郑成接管台湾后，建立了台湾第一个z权，也带来了移民潮。虽然郑成在征服台湾的同一年就去世了，但是继任者郑经和郑克塽继续统治台湾21年，在陈永华的策划下，引进了明朝的宫殿、寺庙和各种法规引进我国明制的宫室，并建立了台湾，未来它将成为一个以汉族文化为主导的社会，而不仅仅是另一个海外唐人街。因此，有学者将这场运动形容为“决定台湾未来四百年的命运”。
至于荷兰东印度公司，大国要塞失守后，“东南亚-大口（运往我国）-长崎（日本）”的贸易路线中断，对华贸易额锐减，造成巨大损失损失。荷兰东印度公司多次试图恢复这条航线，于是联合清廷对郑氏进行进攻。
1663年，清荷联军攻打金门、厦门时，郑成已阵亡，郑军的统领是郑经。双方交战于金门乌沙港，郑军大败，退守铜山。不久之后，全军调往台湾，彻底失去了在大陆的根据地。但此役过后，清仅向英国东印度公司赠送白银和礼品，并没有派兵协助攻。

1664 年 8 月，英国东印度公司接管了合作社。同年11月，荷兰舰队与清靖海将领施琅率领的海军组成联军，但刚出海就遭遇巨浪，被迫折返。此后清对台湾的进攻更加被动，东印度公司因接连不断的军事行动陷入财政困难，双方不再对台湾采取军事行动。此外，由于清廷严厉的海禁，东印度公司在基隆的据点几乎无利可图，维修费用巨大，因此于1668年7月放弃撤退。
至于大员长官揆一，他因投降而受到审判，并被关押在班达群岛，直到他的家人于 1674 年以 25,000 荷兰盾赎回他。1675 年，他通过出版《被遗忘的福尔摩沙》为自己辩护。
东印度公司离开台湾
1662年2月1日（12月13日，永历十五岁），揆一签降书。
该条约的重点是：
双方停止一切敌对行动，忘记仇恨。荷兰方面将城堡、大炮、军用物资、货物和现金交给了郭兴业。荷兰人可以带回巴达维亚所需的所有食物、工具和其他物品。荷兰士兵可以升旗、鸣炮、扛枪、击鼓、列队登船。国兴君应释放所有荷兰俘虏。东印度公司应该释放所有我国囚犯。 2月9日（永历十五年12月21日），2000名荷兰人登上8艘荷兰船只，等待起航。 《Jelandia City Journal》记录到今天。
1662年2月17日，揆一率领卢斯杜南号、唐堡号、安克文号、梅顿号、泰伯特号、纳尔登号、白鹭号和罗南号一起启航，结束了荷兰游轮对台湾长达38年的统治。

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