元世祖忽必烈闻讯后，亲率蒙古汉军从上都（今内蒙古正兰旗以东）攻下乃颜。元军在萨尔都鲁（今内蒙古奈曼旗）击败了乃颜军前线，挺进辽河上的宫帐。号称十万的燕军与元军激战，以坦克和厕所为营。忽必烈以枪炮步兵进攻，击败了奈延的军队，并处决了奈延。 1292年，烟雨党哈丹终于平定。乃颜之乱后，元朝正式设立辽阳等府为东北较高行政机关，强化地方自治。
经过
世祖应战
针对乃颜叛乱，忽必烈已经做好了准备并采取了行动。曾派伯彦等人窥探奈彦的动向，获得了关于叛军活动的可靠情报。同时，他下令“禁女真弓箭水，年年转粮解饥，仍免今年公税，减半革失布”，力图缓解东北土人的不满，断绝了他与叛军的联盟。因此，当乃颜出事的消息传来时，忽必烈从容地站在一边，立即组织了远征。

一方面，他派出军队，“以不鲁合罕总探马赤军三千人出征”，作为先遣班去叛乱；另一边，由于蒙古军与乃颜有着千丝万缕的联系，忽然比烈听从叶璃、伯彦等人收养汉军的建议，将左城李廷召到了至尊都城，将所有的侍卫一齐派出。对汉军。同时，他积极整顿内政，派叶贤向北京等地宣威司下诏。他还派人闯入敌人，并派阿莎布华去劝说诸王。
进剿乃颜
万事俱备，至元二十四年（1287年）五月忽必烈自上而行，他的军队是博洛桓五军和李廷汉军的先锋，另一支玉溪帖木儿军6月3日，率军并肩作战，抵达萨尔都鲁（今内蒙古奈曼旗）。在这里，元朝的官员会见了叛逆国王的将领黄海和大布泰。起义者自称有10万人，但实际上是6万人。元军在人数上处于劣势，忽必烈趁着项羽上阵，企图以大汗之气威胁起义军，自动投降。但叛军却全力攻打项羽。忽必烈被迫下车骑马，利用汉军前线徒步作战，迷惑起义军。
塔布泰不敢撤退，忽必烈采纳李廷的建议，在夜间组织敢死队轰炸叛军阵地。元代诗人王允这样描述这场战斗：“云在天上结阵，相拥如长城。万亚飞在出使之前，拿了长枪。我的老师默不作声，等待着，听着。
随后，另一支平叛军，玉溪帖木儿率领的蒙古军与忽必烈大军会师。李廷想率汉军追击乃颜，却被忽必烈阻止。至此，乃颜已向东撤退至古都武里（蒙古语Borgutu boltagha，译为“孤山与雄鹰”）。元军在玉溪帖木儿的指挥下追捕了乃颜，与他作战。玉溪帖木儿以吉普查·汤和内将军为先锋。
叛军解散，乃颜逃走，在失地被元军俘虏。忽必烈立即处决了乃言。根据马可波罗的说法，乃颜是按照蒙古族杀不流血贵族的传统被折磨的，即被绑起来后，裹上毡毯，反复拖拽，摇晃致死。他的妻子也被处决了，他们的尸体仍然被扔进了河里。这条河一般被认为是石拉木伦河。
扫清派对的其余部分
乃颜虽然被俘杀，但党内其余的电厂和哈丹仍然活跃。玉溪帖木儿率军回到哈拉哈河，横扫呼伦贝尔大草原。元军登伊米河（今伊敏河），北至海拉尔河（即海拉尔河），东越大兴安岭北端蒙克山，追击奈岩坎村，嫩江河。至元二十四年（1287年）九月，老师玉熙帖木儿归来。忽必烈亲自从元军手中夺取乃颜时，已从哈拉哈河东行至大兴安岭，过辽东班师。
至元二十四年（1287年）元军的军事行动虽然十分成，但未能彻底叛王。逃往嫩江和黑龙江地区的河池文系诸王哈丹吐鲁干，干脆将这里作为新的领地，率领余部继续与元朝作战。
结果
元二十五年（1288年），忽必烈命其侄帖木儿（即后来的元成宗）和将军禹锡帖木儿再次出征。战火从大兴安岭山坡一直持续到高丽境内。直到至元二十九年（1292年），哈丹在鸭绿江源头自裁，元朝才最终扑灭了乃颜之乱的余烬。

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