此次战役，虽然名义上是联合讨伐，实际各群雄却互相估量对手、保存自身实力，为此结下不少仇怨。联盟中两个最有人望的群雄袁绍、袁术反而是最先挑起内斗的人，袁绍首先用计夺取了韩馥的冀州，与公孙瓒开战。而袁术拥有南阳，与新任的荆州刺史刘表交恶，其麾下在讨伐董卓中威名远扬的孙坚在攻打刘表时中伏战死。其后袁家两兄弟决裂，形成中原混战。
其后，曹操因私怨进攻徐州陶谦；刘岱、桥瑁、张杨等较弱势力也纷纷明争暗斗；及孙坚部下拥立孙坚长子孙策亦进攻江东各地，割据一方。由于朝廷名义上和实际上都已经被奸臣董卓控制，各地诸侯间公开的杀戮也已经无人能管束，甚至再也不需要假借任何名义，三国割据战乱弱肉强食从此全面展开。
而董卓到了长安后，并没有减少恐怖的统治，反而变本加厉，自称太师，更欺压大臣、残杀百姓、奢侈挥霍、独裁凶残，令朝中大臣憎恨不已，司徒王允连同黄琬、尚书仆射士孙瑞、杨瓒等密谋要杀死董卓，连络上负责董卓警卫的中郎将吕布以及董卓部下的骑都尉李肃。
192年（初平三年）四月丁巳日，王允、吕布等人以皇帝诏书的名义，在未央殿掖门外杀死董卓，结束董卓的统治。但是董卓属下李傕、郭汜等人以为其报仇为名，很快率兵攻破长安，杀死王允，击退吕布，延续董卓的暴政。之后献帝被迫逃出长安，流离失所，最终投靠曹操，汉室名存实亡。
在《三国演义》中，从第五回“发矫诏诸镇应曹公，破关兵三英战吕布”至第六回“焚金阙董卓行凶，匿玉玺孙坚背约”都是描写此战役，不过当中大部份情节都是虚构或改造：如非曹操发檄讨董；没有十八路诸侯讨董卓，部份人物没有参加，而曹操、孙坚、张杨分别属张邈、袁术、袁绍之下。温酒斩华雄、三英战吕布都是虚构。当时袁术的确有扣押粮，但没有令孙坚败阵，反是孙坚劝服袁术再次运粮。而当中部份武将，如俞涉、潘凤、方悦、武安国、穆顺等都是虚构。
在《吴书》及《山阳公载记》有记载孙坚在入洛阳后，于南甄官井里找到刻有“受命于天，既寿永昌”的传国玉玺，更私自收藏起来，后来袁术劫持孙坚的夫人，夺取了玉玺。不过，裴松之引用了《江表传》案《汉献帝起居注》、《虞喜志林》，当时汉室有六个玉玺，分别是“皇帝之玺”、“皇帝行玺”、“皇帝信玺”、“天子之玺”、“天子行玺”、“天子信玺”，但汉献帝由河上归还宫殿时，六个玉玺仍然在宫殿，没有外流。
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