伤亡
战争毕竟是残酷的，且不说秦军在三次战争中前后了损失了30多万人马，两广地区的老百姓也遭到惨重的损失。在历史资料中记载秦军在第二次战争后的部队全部留在两广驻守。战后留驻两广的部队有多少人呢？据考证，秦军出兵百越共50多万分五路，一路攻取闽浙约10万（攻下后驻守），四路攻岭南约40多万，阵亡30多万，剩余约10万在气候炎热的岭南驻留。这十万秦军士兵为岭南的开发做出了不可磨灭的印象。
在秦末农民战争、楚汉战争期间，两广并不是战场，此时的赵佗建立的南越国几乎已经算是独立出秦王朝。但是在《我国各朝人口》一书中却记载着在秦末战争刚结束的时候，两广登记在册统计的人口只有40多万人，这里如果扣除那些留下的近10万秦军士兵，也就是说这时两广的原百越部落从秦瓯战争前的50万（史料无记载，专家猜测人数）锐减到30万人这样。而这期间两广并没有什么瘟疫流行的文献资料，当然也不排除秦人在战争结束后还是不适应南方的气候从而造成水土不服而人口下降，亦可能是越人或藏或逃到东南亚。
到汉武帝时期，已经在两广建立的南越国虽然说在建国初期有号称“百万带甲”。但是有历史专家认为：“南越国总人口最多的时候（大致是汉高祖以后的吕后当政时期）也不会超过80万人，士兵最多也就在10万人左右，“百万带甲”系为夸张而显示国威的说法，在之后投降汉朝的时候，南越人口在册投降的只有40多万人，如果算上那些不在册记录内的人口估计也不会超过80万人。”
公元2年时，岭南地区的南海、郁林、苍梧、交趾、合浦、九真、日南七郡在册记录总人口数量为120万6875人，其中交趾一郡就有74万6237人，占了七郡总人口的61%。
影响
此后，百越之地被纳入秦国版图，设置为三个郡。为保土安民，秦始皇命任嚣和赵佗率领大军留守百越之地。这就为后来赵佗建国当皇帝创造了机会。
秦攻百越的战争是秦始皇统一战争的重要组成部分。它在历史上第一次正式将岭南纳入了秦朝的版图，使百越诸部正式成为汉民族大家庭的一员。它对促进岭北及岭南人民的融合及百越社会政治、经济和文化的发展都起着不可忽视的作用。 它奠定了我国统一多民族中央集权国家的基本格局。
秦始皇发动的这次百越之战，尽管损失惨重，但是此战后，百越地区正式纳入我国版图，我国国土面积增加100多万平方公里，促进了中华民族的融合，为两广的开发和建设奠定了基础。
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