南宋初年，随着御营司的成立，三衙机构依然存在，但事实上，三衙统兵制宣布废止，三衙长官降格为三支兵马的统兵官，不享有统辖全国军队的权力。
概要
高宗的时候班直也留下了，作为宿卫工作着，不过，人数不多。建炎三年诸班直被废，被御前中军取代。第二年，班直复辟，但人数不多，实际上杨沂中的神武中军取代了班直，成了皇帝的卫兵。宁宗的时候，班分为24个班，都属于殿前，由中军统制兼指导，兼指导。绍兴5年，杨沂中的神武军变成了殿前司军。绍兴十年废除了三大将的兵权，各御前诸军削减兵力，唯殿前司军增加，不减少，兵力达7万多人。从那以后，三衙军和驻屯大兵排成平列，没有了隶属关系。
三衙武帅经常以主管殿前都指挥使司公事、主管侍卫亲军马军都指挥使司公事和主管侍卫步军都指挥使司公事为名目，接受皇帝和枢密院的指导，与御前诸军大体上控制着平级。三衙军原本是临安府的卫戍部队，后马司军移居建康府，临安府和建康府的三衙军实际上也成了驻屯大兵。
载入史册
乾道四年正月，迈论述中书舍人、因入对、三衙军制的名称不正当。“根据祖先的制论，从事军职的大者为凡八等。除了都指挥使或不常置外，曰殿前副都指挥使、马军副都指挥使、步军副都指挥使、曰殿前都虞候、马军都虞候、步军都虞候、曰献日天武四厢都指挥使、龙神卫四厢都指挥使、等级整齐，登上梯子后一级废弃不能。
如果下了这个，分营、分厢、各置都副指挥使，例如日左厢第一军、天武右厢第二军等。因为国境有事，如果命令逮捕的话，就立上总管、拘禁、都监的名字，让他们各自出所部。事情已经发生了，就往回走。累圣相承，都用这个术，压制了军诘禁。到了南方，触手起家，三帅资浅，有一个主管司公事的称号。都虞候以下没有设置，是宿卫虎士，与在外诸军同姓，以统制、统领为长。又让远程地区拥有了外路总管和管辖权。考虑到旧制的话是违法的，滑稽的事情不是那样的。根据陛下的圣明，可以知道人的善任，用所谓的牙牙之士，有十几个人等待吗？
如果将法祖宗的制、正三衙的名、诸军改为各厢房，改制以下会给都虞候、指挥使、宿卫的职带来差别等，与士卒的心智有关系，异时拜将的话，一军也不会吃惊。如果销售不萌，不按名字负责的话，环卫将军就不放了。我曾拜托枢密院讨论过故实，想讨论当时的情况，但恐怕不能称赞圣武之意或称赞圣武之意吧”。读了牌子，孝宗很高兴，马上批准了枢密院。是的，知院虞允文使四川，同知刘对此表示：“但是，根据所见进行陈腐，是否实施，由庙堂处理来决定。”。
睡不着。后阅华阳集、王珪撰高琼神道碑“王在殿前指挥使者，管理军员，兼领二司。王乃言“臣老啊，如果担心工资的话，谁来当负责人呢？先下到殿前，各置副都指挥使，以及都虞候，常有10人，职近有事亲，易进，又让士卒预见其威名，急临戎，能上下学，也有这个军制的纲要。”。正如乔恩所说，我刚才说的。
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