顺治元年（1644年）五月初三，多尔衮进入北京后，谕令故明官员说：“各衙门官员俱照旧录用，可速将职名开报，如虚饰假冒者罪之。其避贼回籍，隐居山林者，亦具以闻，仍以原官录用。”初六日，又“令在京内阁、六部、都察院等衙门官员，俱以原官与满官一体办事”。
这样，清廷定鼎燕京伊始，便基本承袭了原明内阁等中央机构，原明官员也获留任，与满官一体办事，由诸王管部务，大权机构迅速运转起来。六部尚书初由满员担任，汉官只能任侍郎。
顺治五年（1648年）七月，“设六部汉尚书，都察院汉左都御史，各一员”。陈名夏等六人分任汉尚书，徐起元为都察院汉左都御史。六部、都察院实行满汉，此后成为定制。但在清人“首崇满洲”的既定国策下，“权归满人”，汉官只能仰承其鼻息。
多尔衮虽明令原明内阁官员与满官一体办事，但其时重要本章的票拟之权并不在内三院，顺治元年（1644年）六月，大学士冯铨、洪承畴力争恢复内阁的票拟之权。多尔衮听从了他们的建议。冯铨、洪承畴等原明降清大学士，意在将内三院的职掌恢复到明内阁的票拟大权，多尔衮表示同意，这在实际上沿袭了明朝内阁制度。
然而，票拟不到一年，多尔衮即认为，“凡陈奏章，照故明例，殊觉迟误”，往往误事，于是决定，各部院以及各省文武官员奏章不再经由内院大学士票拟。所奏与六部无涉者，如条陈政事、外国机密、奇特谋略等本章，“俱赴内院转奏”。
于是，票拟之权又形同虚设，这表明了清初统治者不愿有一个靡不所领的权重内阁，惟恐大权旁落。同时，也与当时内三院及廷臣中汉官南北之争有着密切的关系。
顺治时期 顺治七年（1650年），摄政王多尔衮死后，受多尔衮宠信的冯铨被要求致仕。顺治八年（1651年）七月，以吏部尚书陈名夏为弘文院大学士。后因陈名夏案被革职。汉官南北之争又与满族贵族间的矛盾杂糅在一起。
顺治帝亲政后，“好汉语，慕华制”，“求贤图治”，不顾满族贵族的反对，重用汉官，北人南人兼用。顺治十年（1653年），陈名夏、冯铨先后复秘书院大学士、弘文院大学士任。顺治帝谕大学士洪承畴、陈名夏等，将亲考翰林官，以其文之优劣定高下，以备用，于是南北之争又起。冯铨于召对时说：“南人优于文而行不符，北人短于文而行或善。
今取文行兼优者用之可也”。竭力排斥南人。而陈名夏曾讥笑北人说：“北方之习喜于抄旧，喜于好用不可读之句与字。”认为“可笑可怪至此”!又说：北人“入署官人，强言谈文，盖足非笑”。冷嘲热讽，认为北人不学无术，却又不懂装懂，“强言谈文”。
陈名夏看不起北方人，故“所推毂南人甚众，取忌于北”。南北之争势同水火。顺治帝也知其彼此互不相让，说：“冯铨与陈名夏素相矛盾，朕所习知。”可他却以冯铨之言为是，对陈名夏心存戒心，这是因为陈名夏曾入东林党的缘故。
内三院汉官大学士及其间南北之争，又与满族贵族内部矛盾纠葛在一起，使总领百官的内阁难于形成定制。直到顺治十五年（1658年）七月，“慕华制”的顺治帝“斟酌往制”，使名义相符，“共襄化理”，命令“除去内三院秘书、弘文、国史名色”，销毁三院旧印，仿明制，改称内阁，满文称为多尔吉衙门。另设翰林院，满文称笔帖黑衙门。
内阁大学士俱加殿阁衔，大学士为正五品，低于六部尚书（正二品），但大学士多以尚书入阁，所以实际上享受正二品。大学士品级之低，正说明清统治者还没有把内阁置于总制均衡的地位，以防大学士权力过大。
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内阁制
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