清皇太极崇德七年（1642年），把汉军扩为八旗。至此，八旗汉军正式出现，成为清朝三军之一。所使用的旗帜和满洲、蒙古相一致，即正黄、镶黄，正白、镶白，正红、镶红，正蓝、镶蓝。至此，满洲、蒙古、汉军各为八旗的制度臻于完善。
八旗改色
清天命十一年（1626年），努尔哈赤死后，皇太极继承汗位之后，为名正言顺及巩固权力，将多铎、阿济格二人统领的正黄、镶黄二旗改色为正白旗与镶白旗，而将自己亲领的原正白旗改色为正黄旗，又夺取杜度的原镶白旗主之位，交由长子豪格担任，改色为镶黄旗。皇太极首先在每旗仍设管理旗务大臣一名，也即固山额真，职责是“总理一切事务”。分散了主旗贝勒的权力，降低了他们的自主性。
清皇太极天聪四年（1630年），阿敏获罪 ，被罢官幽禁后，由他弟弟济尔哈朗为镶蓝旗旗主。
清皇太极天聪六年（1632年），皇太极取消了四大贝勒并坐的仪式，改为由皇太极一人“南面独坐”，提高了皇太极的地位。
清皇太极天聪九年（1635年），正蓝旗主莽古尔泰意图谋反事败遭诛，该旗由皇太极所得，皇太极将其与自己亲领的正黄旗混编重组，成为新的正黄旗和镶黄旗，并从中分出8个牛录给予豪格统领的原镶黄旗，又再次将其改色为正蓝旗。
清顺治五年（1648年），豪格因1643年的继位之争被摄政王多尔衮陷害下狱暴亡，正蓝旗又为多尔衮所得，多尔衮将其与自己统领的正白旗混编重组，成为新的正白旗和镶白旗，将胞弟多铎统领的原镶白旗改色为正蓝旗。此后八旗旗色再未变化。

上下之分
八旗本无高低之分。清军入关前，八旗中的正黄、镶黄两旗由汗王（皇帝）直接统领，其它6旗分别由汗王的子侄统领。惟镶黄旗只属于皇帝一人。镶黄旗内除了皇帝之外．没有其他宗室。稍后，皇权进一步加强，正黄旗与正白旗又归皇帝统属。
入关以后，宗室王公皆分隶镶白、正红、镶红、正蓝、镶蓝等五旗，皇子分府全部拨入这五旗。再无入正黄与正白旗的人。如此始有上三旗，下五旗之分。实际上，上三旗与下五旗只是相对于包衣佐领而言的，而与皇族和普通旗人无关。皇室管家内务府三旗的包衣佐领，主要服务于宫廷。下五旗亦设包衣佐领，皆为王府所属，各随其主之旗。
清顺治七年（1650年），摄政王多尔衮去世，清世祖顺治开始亲政。他为了加强对八旗掌控，亲自统领了原属多尔衮的正白旗，这样由皇帝控制的正黄、镶黄、正白三旗，称为上三旗；由诸王、贝勒掌控的镶白、正蓝、镶蓝、正红、镶红五旗，称为下五旗，此后终清未改。上三旗较下五旗为崇，是皇帝的亲兵，担任禁卫皇宫等任务，下五旗驻守京师及各地。
雍正为进一步加强中央集权，削弱诸王、贝勒对各旗的控制，严格区分下五旗中的旗分佐领（俗称外佐领）和府属佐领（俗称内佐领）的隶属关系。下五旗中的主要部分旗分佐领，实际上也由皇帝直接控制。诸王及贝勒仅能控制其府属佐领。又以镶黄、正白、镶白、正蓝四旗居左，称为左翼；正黄、正红、镶红、镶蓝四旗居右，称为右翼。镶黄旗又称头旗。
全国驻防
清顺治元年（1644年），清世祖顺治帝将首都从盛京迁到北京，本着“居重驭轻”的用兵原则，将八旗精锐半数驻于京城，是为禁旅。同时亦不忽视对对广大地方的控制，在全国各大省会、水陆要冲、边疆海防，派遣八旗长期驻守，以控扼京师以外所有最重要的军事据点，是为驻防。
主要形成以下几条驻防线：运河驻防线（京师、德州、京口、杭州）、黄河驻防线（德州、开封、西安）、长江驻防线（江宁、京口、荆州、成都）、东南沿海驻防线（杭州、福州、广州）、此外还有京畿驻防线、关外驻防线、塞外蒙古编旗驻防及甘肃新疆驻防线等等——清廷根据旗民分治的原则，在驻防地为旗人筑城别居，或者在城内划出一角令旗人居住，通常称之为“满城”。
康熙末年（1722年），全国已设驻防将军11名，即西安、江宁、杭州、京口、福州、广州、荆州、右卫，以及盛京、吉林和黑龙江。雍正朝添设2名：青州、宁夏。乾隆朝对八旗驻防有较大调整，增绥远城、伊犁、成都共3名，裁撤京口、青州和右卫3名，总数为13名。另有察哈尔都统，以及乾隆四十八年（1783年）于增设的一名都统。
这样一支不仅常驻于边疆，而且常驻于腹里内地的制度化的武装力量为历朝所未有，是满洲统治者维护统治的主要工具。而它所监视、控制的主要对象则是绿营。
直至18世纪中叶，八旗营区终于系统地分布于全国的军事要地，实行长久性的驻扎。

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